壹是要與社會主義市場經濟發展階段相適應。在社會主義市場經濟體制確立階段，由於市場機制的不完善性，市場機制在配置資源中的基礎性作用難以發揮，政府對經濟的幹預必然很深很廣，相應地，農發行的地位和作用就非常重要。在社會主義市場經濟體制完善階段，市場機制在資源配置中的作用日趨完善，經濟發展中的不平衡性逐步減弱，政府對經濟的幹預也會明顯減少，相應地，農發行的地位和作用將呈現下降趨勢。在社會主義市場經濟體制成熟階段，農發行在完成其彌補市場機制缺陷和調節經濟結構的使命後，其政策性色彩逐漸淡薄，與商業性金融機構的區別越來越模糊，甚至完全轉變為商業性金融機構。
二是要與區域經濟發展狀況相適應。由於我國實行的是梯級推進戰略，經濟發展的區域不平衡問題特別突出。為了保持國民經濟持續、快速、健康、協調發展，農發行在職能定位時應將區域發展原則貫穿始終，逐步探索選擇適應本地區經濟發展水平的發展戰略、發展規劃和支持重點，在支持區域經濟持續快速健康協調發展的同時獲得可持續發展。
三是要與社會主義市場經濟發展要求相適應。農發行所追求的目標應是在成本(補貼)既定條件下的效益最大化(或說虧損最小化)，並努力實現效益(或虧損)既定條件下的成本最小化。農發行對支持對象的支持要堅持資金最小量原則，要用最少的資金融通覆蓋最大的業務領域，將資金這種稀缺資源配置到效益最高的企業中去。
農發行職能定位要與經濟全球化的發展趨勢相壹致。
壹是要與世界貿易組織規則相適應。逐步減少對流通環節的信貸支持，充分利用“綠箱政策”，增加對農業生產領域的信貸支持力度，把農業國內信貸支持的重點轉到生產環節。
二是要具有全球視角。農發行職能定位的調整要考慮國際農業保護政策特別是農業政策性金融政策的變化，要以其他國家和世界市場作為參照系，要以能夠“中和”其他國家不合理的農業保護措施，提高本國農業的競爭力為基本目標之壹。
農發行職能定位要與農村金融體制改革相符合。
壹是要立足於彌補農村金融市場失靈。以矯正市場的不完善，更好地發揮農發行支持農村經濟發展的作用，而不是替代農村金融市場，取代商業性金融機構(包括合作金融機構)的主體地位。
二是與商業性金融機構要緊密互補。農發行設立的初衷就是為了解決商業性金融“壹身二任”問題，為商業銀行市場化改革創造條件；農發行兼營商業性業務的目的也不是為了替代商業性金融，而是為了形成農村市場的適度競爭；農發行在降低農業在發展中的不確定性、逐步培育市場並使其相對成熟後，其“市場出口”更需要商業性金融的參與。
三是與其他農業政策性金融機構分工要明確。世界各國的實踐證明，由於農業的特殊性、弱質性以及支農資金需求的巨大性，僅靠壹家農業政策性金融機構是無法滿足農業發展和繁榮的需要的。因此，需要增設農業政策性保險、擔保、投資等農業政策性金融機構，並使其分工明確，相互競爭，相互補充，以滿足農業和農村經濟發展多層次的發展需要。
農發行職能定位要與國家
宏觀調控政策相協調，要與貨幣政策相協調。
壹是農業政策性金融的資金來源受到貨幣政策的限制。農發行的資金來源、資金運用同時受到貨幣政策的限制。當國家執行寬松的貨幣政策時，農發行可從中央銀行借入較多的借款，也可在金融市場上籌集更多的資金，其業務範圍必然相應擴張。反之，其業務範圍就會相對收縮。否則，必然受到政府的幹預，成為中央銀行下壹步調控的對象。
二是要與財政政策相協調。當政府財力比較雄厚時，政府可以通過增加對農業和農村經濟的直接投入，農發行的業務範圍就會相應收縮。當政府囿於財力的限制對農業等特定領域的直接投入不足時，政府通過利息補貼、稅收優惠等政策引導農業政策性金融增加資金融通，其業務範圍必然相應擴張。尤其要註意的是在利用政府組織增信原理時要以地方政府的信用承受能力為前提，防止地方政府信用過度透支，將風險向農發行體系轉嫁。
三是要與行政手段和法律手段相協調。農發行作為經濟體制和金融體制改革的產物，也如前述兩種改革壹樣，走的是壹條漸進式道路。在此背景下，用行政手段對農發行業務範圍進行界定和調整是壹種明智的現實選擇。隨著人們對農發行特殊性認識的逐步加深，用立法來界定其業務範圍及責、權、利關系以及與其它相關主體的經濟關系，不僅是可行的，而且是水到渠成的。