(壹)對涉農企業和農村集體經濟組織的貸款明顯不足。由於大多數涉農企業規模小、利潤低、抗風險能力差，農信社擔心形成新的貸款風險。因此，許多農村信用社明確限制對這類企業的貸款。實踐中，為了防範信貸風險，很多農信社在放貸上從原來的“大基數”走向了另壹個極端，基本只發放農戶貸款。
付款。這種“撒胡椒面”的貸款管理方式在壹定程度上分散了信貸風險，但難以充分發揮貸款的規模效益。根據目前農民生產經營對資金需求的特點，必然導致信用社資金大量閑置。
(2)部分支農貸款不盡合理，促進農民增收效果不明顯。近年來，支農貸款雖有逐步調整，但仍有“重農、重農、重糧”和“春不貸、秋冬收”的傳統
經營方式沒有得到有效轉變，貸款仍主要用於支持農民購買化肥、種子、農藥等農業生產經營，但對新興高效農業、農業龍頭企業和高效農副產品深加工的貸款仍然不足，使得支農資金使用效率下降，支農貸款使用效果不高。
(3)農村信用社推廣的小額農貸、農貸證的廣度和深度有待進壹步拓寬。壹方面，目前農村信用社實際發放的是短期的小額農業貸款，難以滿足部分資金需求大的農戶生產周期長、見效慢的規模化、專業化養殖和農業生產項目發展的需要；另壹方面，壹些地方發放農民貸款證覆蓋面小，壹定程度上影響了農民對支農資金的合理需求。
(四)目前普遍缺乏具有法律規範的農民擔保組織體系，限制了農村信用社對農業產業化、貿工農壹體化、科技創新型農業的促進和支持。由於缺乏可靠的貨源，部分農村信用社存在資金閑置，存貸比偏低的情況，影響了資金的有效使用。壹些信用社跨區域在城市地區拓展業務，甚至將資金集中用於在城市地區與商業銀行爭奪客戶和市場，造成農村資金非農化流失。
(五)目前，農村信用社嚴格的貸款責任制度和嚴格的貸款條件，制約了基層信用社支農和農民貸款需求的積極性。目前，農村信用社普遍實行了嚴格的貸款責任追究制度。要求新增貸款必須收回100%，否則會給信貸員停薪留職或裁員，導致部分信貸員寧願不發放貸款也不願丟掉工作。農戶貸款需求普遍過於謹慎，同時貸款方式相對簡單，條件苛刻。為保證貸款的1，000%回收，盡管人民銀行多次要求推廣農戶小額信用貸款，推行貸款憑證制度，但目前農村信用社對農戶貸款仍主要采取質押和“聯保”方式。
(六)農村信用社信貸人員綜合業務素質欠缺，影響了支農信貸服務內涵的延伸和拓寬。很多農信社知識面窄，市場信息差，對農業新技術新產品了解不多，以致不敢支持壹些創新型農業項目和壹些市場前景不確定的項目，客觀上影響了支農服務的深度和廣度。
(7)國家對“三農”的優惠政策沒有得到很好的體現和落實。比如在利率執行上，人民銀行規定的農村信用社貸款利率最高可上浮50%，支農貸款原則上不能上浮或下浮。但在實際執行中，大部分農信社由於利益傾向，往往只對已入股的社員按股本檔次執行10-20的優惠利率，對其他農戶的貸款不論用途壹律上浮到頂。
(八)人民銀行支農再貸款政策的壹些局限性，削弱了農村信用社支農作用的充分發揮。壹是在再貸款管理上，明文規定其用途只能用於農民種植、養殖、農副產品加工、儲運和農村消費信貸，不涵蓋農村各種經濟成分；二是支農貸款期限管理中規定最長期限不超過壹年，不適應農村多層次多類型經濟發展的資金需求周轉規律；第三，利率能不能浮動是模糊彈性的，農信社可能執行也可能不執行。