令人擔憂的是造血機制沒有跟上，原本的血液流失也相當嚴重。農村金融市場“抽血站”眾多，大量資金流出農村，缺乏回流機制和渠道。商業銀行的信用權威不斷提高。縣以下效益好的項目很少，越來越成為吸儲機構。農村信用社也是存多貸少，郵政儲蓄只存不貸。資料顯示，每年有3000多億元通過正規金融渠道退出農村，2006年財政支農預算總額約為3000億元。截至2005年末，全國金融機構存貸比為69.02%，農村金融機構存貸比為56.3%，比全國水平低12.72%。縣以下銀行業金融機構貸款平均增速為9.72%，全國為15.66%，相差5.94%。總體來看，近年來農村金融體系對縣域經濟的信貸支持並沒有加強，反而有所下降。在縣域經濟的存款市場上，大量資金通過郵政儲蓄和國有商業銀行流向城市，使得本已資金短缺的縣域經濟發展雪上加霜。
2.農村金融公共產品的短缺導致金融金融化現象嚴重。目前我國中西部地區的地方財政，尤其是地縣級財政，大部分是糧食財政。在中央和省級政府擁有主要財力的布局下，縣鄉政府財力薄弱卻承擔著義務教育和基本醫療的資金，當然也無力承擔基建項目。沈重的鄉村債務已經成為影響農村金融機構發展的重要因素。鄉村債務主要通過拖欠農信社來解決，債務金融化相當嚴重。這種做法直接影響了金融機構的資產質量。許多由政府主導、企業貸款的公共設施項目形成了大量的不良貸款。財政與金融的相互滲透不僅導致了金融機構的道德風險，也助長了政府部門的道德風險。從而形成大量不良資產，由財政買單核銷壞賬，導致資源浪費、效率低下等問題。
3.農村金融機構監管缺位，風險狀況嚴重。農村金融機構的資產質量普遍不高。到2005年末，農業銀行的不良貸款率為26.3%，農業發展銀行的不良貸款率為54.1%，遠高於同業水平。同時，農村金融機構資本充足率嚴重不足。相關金融專家表示“很難說城市和農村金融機構的資本充足率相差多少，因為農村金融機構基本都是負的；中國銀行業的主要金融風險已經從不良資產轉向機構發展不平衡、區域發展不平衡、城鄉發展不平衡。”目前，政府缺乏對農村金融市場的有效監管。改革後，農村信用社交由地方政府管理，但沒有賦予監管職能。這種制度安排使得地方政府可以任意幹預農村信用社的日常經營活動，但卻不必承擔相應的風險和成本。如果省聯社的管理權限得不到制約和規範，新壹輪的大規模虧損將不可避免。同時，農村金融監管不足也助長了民間金融的活躍，壹些民間金融活動成為地下經濟的溫床。特別是高利貸現象，不僅增加了資金使用者的生產經營成本，還伴隨著其他犯罪現象。
4.機構布局不合理，職能交叉，缺乏合作。目前在農村設立營業場所的金融機構壹般有:農業銀行、農業發展銀行、農村信用社、郵政儲蓄。此外，國家開發銀行和進出口銀行的個人業務涉及農村業務。其中，農業銀行是商業銀行，商業資本的逐利性促使其淡出農村，轉向縣域金融。農發行作為唯壹壹家專門支農的政策性銀行，逐漸演變為業務單壹的“糧食收購銀行”。農村信用社幾乎成為農村金融市場上唯壹的正規金融組織，但其經營存在明顯的地域限制，負擔重，實力弱，無法滿足農村發展的金融服務需求。在農村，農村信用社壹家獨大的局面實際上已經形成，針對不同客戶和需求提供差異化金融服務的農村金融體系尚未形成，導致農村金融供給總量不足，金融產品單壹，服務質量差。農業發展銀行無力從事農業基礎設施建設、扶貧開發，而農業銀行和農村信用社作為商業機構，承擔著大量的政策性金融服務。政策性金融與商業性金融不分，大大降低了商業性金融的效率。在政策的壓力下，農業銀行和農村信用社在商業化改革後承擔了壹部分政策性業務，但在利益機制的驅動下，支農貸款比例逐年下降。