農村商業銀行是由農戶、農村工商戶、企業法人和其他經濟組織組成的股份制地方金融機構。
農村商業銀行仍存在以下問題:
壹是思想認識有待提高。大多數員工認為，這壹輪信用社改革無非是拿到國家扶持資金，繳納專項央行票據改革就完成了，安於現狀，工作上不求上進。具體來說，不良貸款不降反升，卻“視而不見”，放任自流。貸款管理不同程度地強調規模而忽視質量，與農村商業銀行的經營要求相差甚遠。還有人認為，縣級合作社目前所堅持的股份合作制的組織形式和相應的運作模式，已經代表了改革後農村信用社的發展方向，沒有必要再進行改革，因此工作被動，創新創造意識不強。
二是經營指標有待優化。根據銀監會《農村中小金融機構行政許可事項實施辦法》，五級分類下不良貸款比例應低於8%；資本充足率不低於8%，核心資本充足率不低於4%；按要求提取充足的貸款損失準備金；所有者權益大於等於股本，即經過資產核實和整體資產評估(可考慮央行票據置換不良資產、歷年虧損掛賬等因素)，申請人轄內農村信用社合並計算所有者權益後大於等於零。
三是風險防控有待加強。《中華人民共和國商業銀行法》明確規定，“商業銀行應當自主經營、自擔風險、自負盈虧、自律管理，以安全性、流動性和效益性為經營原則”。銀行業是“管理風險”的金融機構。因此，能否化解和控制風險將決定商業銀行的成敗。20世紀90年代以來，壹系列金融災難警示世人，有效的風險管理和控制可以促進銀行業的穩健經營和健康發展，在競爭中立於不敗之地。要把農村信用社建設成為農村商業銀行，就必須識別、計量和監控經營管理中的風險，並采取科學的措施加以化解和防範。客觀地說，農村信用社有壹定的風險意識，但在建立和形成科學的風險管控體系方面做得還不夠。比如在貸款風險的識別上，對關聯交易關註較少；在客戶信用評級過程中，主要依靠信貸人員的專業知識和經驗，而基於風險量化的信用評分模型和違約概率模型尚未建立和應用；目標明確、結構清晰、流程合理、功能完備、功能強大的風險管理傳導機制也需要建立和應用；風險管理文化需要深入培養。
四是公司治理和組織體系建設有待完善。銀行作為經營貨幣的特殊企業，其公司治理結構是否完善，不僅關系到資產的安全運營和從機制上避免和減少不良資產，還關系到債權人(存款人)的利益和社會穩定。目前，會員代表大會、董事會、監事會和高級管理層相互分離、相互制衡的公司治理結構已經初步形成，但與商業銀行公司治理的精神要求還相差甚遠。主要體現在:董事會和監事會下設的專門委員會不夠健全，沒有充分履行職責；外部董事、監事素質較低，“參政議政”能力不強；信息披露制度不完善、不規範。同時，由於以市場為導向、以客戶為中心的前端營銷體系，以風險管控為核心的風險控制體系和相關服務體系在中國大陸和臺灣剛剛起步，需要在實踐中不斷探索和完善。