雖然我國這段時期的貨幣政策可以肯定的說是有效的，但是效果並不理想。是什麽因素影響了貨幣政策的效果呢？據初步分析，主要原因有以下幾點：
（壹）國有商業銀行在深化改革上力度不夠我國商業銀行在市場經濟時期進行了大幅度的改革，但還是存在很多的不足。具體表現在：分支機構收縮。從前金融機構是貸款權限下放到各部門機構，現在則是貸款權限上收，以至於絕大部分縣支行甚至地市行幾乎沒有放款的權利。銀行信貸過度向大城市、大企業、重點行業集中，中小企業和縣域經濟資金短缺的矛盾十分突出，以致造成貸款上的“農轉非”，資金上的“鄉養城”，縣域經濟出現“金融服務真空”。國有商業銀行缺乏經營貸款的激勵機制，而約束條件苛刻。在我國的銀行主導型的金融系統中，國有商業銀行是貨幣政策強有力的傳導渠道，但上述種種跡象表明，國有商業銀行為防範金融風險所出臺的種種措施與穩健的貨幣政策操作是不完全符合的，造成了穩健的貨幣政策的實際緊縮效應。還有就是商業銀行體系化解不良資產的難度依然很大。盡管成立了政策性銀行，剝離了部分政策性業務，成立了四大資產管理公司，全國剝離了13900億元不良資產，但商業銀行的不良資產存量仍然很大， 增量仍在滋生。
（二）中央銀行獨立性不夠
我國人民銀行的獨立性在行使時受到多方幹擾，壹方面總行賦予分支機構相當大的貸款權，央行分支機構、專業銀行分支機構和地方政府三者合謀，形成地方政府通過專業銀行向央行分支機構貸款，分支機構向總行爭貸款的“倒逼機制”，刺激央行多發基礎貨幣以滿足資金需求，這十分不利於實現貨幣穩定的目標。另壹方面政府通過向中央銀行透支或直接借款來彌補巨額財政赤字，而中央銀行難以對沖其影響，導致財政赤字貨幣化，這是形成通貨膨脹的原因之壹，使我國貨幣政策有效性受到不利影響。1993年以後，金融體制改革深化，央行獨立性得到提高。政府采取了壹系列措施來改善央行獨立性不夠的問題。比如1993年下半年政府統壹集中央行的貨幣政策決策權；在1994年對央行進行了全面的改革，將貨幣發行權、基準利率的調節權等等都集中到總行，取消了人民銀行分支機構的貸款權；1995年通過《中國人民銀行法》，以法律的形式確立了人民銀行的地位；於2003年4月28日成立了中國銀監會。這壹系列措施使我國中央銀行獨立性得到了很大的提高，但是由於我國貨幣市場還不發達，所以央行的貨幣操作依然與國有商業銀行之間存在密切的依存關系。這都是有待解決的問題。
（三）貨幣政策傳導機制存在外部時滯問題
處於經濟體制轉變中的我國，貨幣政策作用的發揮存在較長的外部時滯。當中央銀行出臺壹系列貨幣政策後，由於作為直接調控對象的金融市場和企業處於特殊狀況，致使貨幣政策通過利率變動經由投資的利率彈性產生效應這壹傳導機制在現有的經濟環境中沒有產生應有的效應。這種市場時滯較為客觀，它不像內部時滯那樣可由中央銀行掌握，而是壹個由社會經濟結構與產業結構、金融部門和企業部門的行為等多種因素綜合決定的復雜變量。因此，中央銀行對這段時滯很難進行實質性的控制，以及處於轉軌時期的貨幣政策因傳遞媒介行為的日漸理性，擴張性貨幣政策不再像傳統的賣方市場條件下對經濟的影響那樣劇烈，對於經濟的影響也不像過去那樣直接迅速。這是我國貨幣政策在啟動經濟中作用效果不明顯的重要原因。
（四）貨幣市場的殘缺影響貨幣政策效果
貨幣市場是中央銀行進行公開市場業務等貨幣政策工具操作的基礎平臺，也是貨幣政策傳導過程中最為關鍵的環節。但從總體上講，我國的貨幣市場發育不完善，貨幣市場的發展層次低，市場容量有限，市場規模較小，貨幣市場功能殘缺，貨幣市場運行效率較低。這些缺陷使我國的貨幣政策操作缺乏堅實的基礎平臺。主要表現在：第壹，交易主體單壹。只準商業銀行及部分證券公司、信托公司、保險公司、城鄉信用社等進入市場，而絕大部分有資金需求的中小金融機構卻不能進入市場，從而形成“單邊市場”。第二，交易工具單壹。以票據市場為例，目前我國票據市場上流通的票據有9成以上是銀行承兌匯票，剩下的也有大部分是商業承兌匯票，其它諸如銀行本票，大額可轉讓存單，短期企業債券，保險單等交易工具幾乎為零。第三，我國貨幣市場發展層次較低，利率市場化程度不高，貨幣市場各子市場嚴重分割， 風險防範能力差，從而使市場的流動性較差，互動性較弱，交易不活躍，經常處於低速低效運行狀態。第五，貨幣市場各子市場發展不均衡，結構不合理。東部發展較快，規模較大，而西部發展較慢，規模較小。貨幣市場業務主要集中在同業拆借市場和債券回購市場，其他子市場規模都較小，有的甚至為空白（如貨幣市場***同基金市場）。正是我國貨幣市場存在上述種種弊端，所以才導致我國的貨幣市場長期低速低效運行，貨幣市場功能殘缺，公開市場業務操作及再貼現政策工具的應用缺乏堅實的基礎平臺，從而弱化了我國貨幣政策的有效性。