長江航道局和長江海事機構負責《條例》規定的管理工作。第六條省人民政府水行政主管部門應當根據國家制定的長江采砂規劃，編制本省長江采砂規劃實施方案，經省人民政府批準後組織實施，並報長江水利委員會和長江航務管理局備案。
本省長江河道采砂規劃實施方案應當充分考慮長江防洪安全和航運安全的要求，符合長江防洪、河道整治、航道整治等專業規劃的規定。
本省長江采砂規劃實施方案由省人民政府水行政主管部門組織、指導和協調，沿江市(州)、縣(市、區)人民政府水行政主管部門實施。第七條長江采砂規劃確定的全省禁采區和禁采期由省人民政府予以公布。
在長江采砂規劃確定的禁采區和禁采期以外，省人民政府水行政主管部門可以根據本省長江水情、工程條件、洪水、航道變化和管理的需要，調整禁采區範圍和延長禁采期。調整後的禁采範圍和延長的禁采期由省人民政府決定後公布，並報長江水利委員會備案。第八條長江河道采砂實行許可制度。本省長江河道采砂許可證由省人民政府水行政主管部門統壹審批發放。省際邊界重點河段的長江采砂許可證，由省級人民政府水行政主管部門簽署意見後，報長江水利委員會審批發放。
水行政主管部門在審批發放長江河道采砂許可證時，應當征求長江航道管理局和長江海事機構的意見。長江航道管理機構和長江海事機構應當自收到水行政主管部門書面意見之日起7日內出具書面意見。
在本省境內，長江采砂許可證有效期不超過壹個可采期，實行壹船壹證。采砂許可證的式樣由省人民政府水行政主管部門按照國務院水行政主管部門的規定統壹印制。第九條在長江從事采砂活動的單位和個人，應當向長江采砂規劃確定的礦區所在地縣級人民政府水行政主管部門提出申請。受理申請的水行政主管部門應當依法審查，符合審批條件的，應當簽署意見並逐級上報。長江水利委員會或者省級人民政府水行政主管部門應當按照本辦法第八條的規定審批發放長江河道采砂許可證。
在長江從事采砂活動的單位和個人，在申請長江河道采砂許可時，應當填寫《長江河道采砂許可證申請書》。《長江采砂許可證申請表》由省人民政府水行政主管部門統壹印制。
市(州)、縣(市、區)人民政府水行政主管部門應當自收到申請之日起10日內提出是否符合審批條件的意見，決定是否報送上壹級水行政主管部門審批。不報告的，應當自作出不報告決定之日起7日內通知申請人，並說明理由。省人民政府水行政主管部門應當自收到市人民政府水行政主管部門簽署的申請之日起30日內；經審查不予批準的，應當自作出不予批準決定之日起7日內通知申請人，並說明理由。第十條符合下列條件的，由省級人民政府水行政主管部門審批發放長江河道采砂許可證或者報長江水利委員會審批:
(壹)符合長江采砂規劃確定的開采區域和開采期限的要求；
(二)符合年度采砂總量控制的要求；
(三)運行方式平穩；
(四)符合采砂船舶數量控制要求；
(五)采砂船舶、船員證書齊全並按規定標明船名和船號；
(六)有符合要求的采砂設備和相關采砂技術人員；
(七)采砂船舶配備定位和測量設備；
(八)沒有違法采砂的不良記錄。