商轉公貸款目前有兩種辦理方式，壹種是先還後貸方式，另壹種是以貸沖貸方式。
先還後貸方式是指已辦理商貸的職工向中心申請商轉公貸款，經中心同意後，職工以自籌資金還清商貸並辦理擔保手續後，中心再發放商轉公貸款。
以貸沖貸方式是指已辦理商貸的借款人向中心申請商轉公貸款，經中心同意後，借款人將商貸本息余額大於商轉公貸款差額提前還清，並辦理擔保手續，中心發放商轉公貸款，借款人、擔保公司、銀行***同配合用商轉公貸款還清商貸並辦理住房抵押反擔保手續。
先還後貸方式受理環節較少、適用範圍較廣。先還後貸方式基本不受貸款銀行限制，但需借款人先以自籌資金還清原商貸，轉貸申請人既可為商貸的借款人，也可為產權***有人（按份***有的需占50%以上份額）。
以貸沖貸方式不需籌資，但受理環節較多，適用範圍較小，轉貸申請人必須為商貸的借款人。以貸沖貸方式不需借款人全部還清原商貸，只需提前還清商貸本息余額大於商轉公貸款的差額部分，轉貸過程中基本不需自籌資金過渡。因為從公積金貸款資金發放到還清商貸和重新設定抵押，必須連續操作、同步銜接，需要商貸銀行與中心緊密合作，還涉及商貸銀行的內部合規要求限制，因此中心采取與商貸銀行訂立以貸沖貸合作協議、逐步推進的做法。目前在市區建行辦理的商貸已經可選擇以貸沖貸方式。
在市區建行辦理的商貸且籌資困難的職工可選擇以貸沖貸方式，有籌資能力的職工也可采取先還後貸方式。在其他銀行辦理的商貸目前只能采取先還後貸方式。
申請商轉公貸款需提供以下材料：
（壹）借款人及產權***有人具有法律效力的身份證明及婚姻證明。
（二）住房公積金儲存卡。
（三）商貸借款合同。
（四）所購房屋的《房屋所有權證》和《國有土地使用權證》，采用以貸沖貸方式的必須提供原件，采用先還後貸方式的可提供經銀行確認的復印件。
（五）用於償還商轉公貸款的銀行卡或活期存折。
（六）住房公積金個人貸款相關規定要求提供的其他材料。
《住房公積金管理條例》
第二十五條
職工提取住房公積金賬戶內的存儲余額的，所在單位應當予以核實，並出具提取證明。
職工應當持提取證明向住房公積金管理中心申請提取住房公積金。住房公積金管理中心應當自受理申請之日起3日內作出準予提取或者不準提取的決定，並通知申請人；準予提取的，由受委托銀行辦理支付手續。
第二十六條
繳存住房公積金的職工，在購買、建造、翻建、大修自住住房時，可以向住房公積金管理中心申請住房公積金貸款。
住房公積金管理中心應當自受理申請之日起15日內作出準予貸款或者不準貸款的決定，並通知申請人；準予貸款的，由受委托銀行辦理貸款手續。
住房公積金貸款的風險，由住房公積金管理中心承擔。