合作機制是指科技合作系統裏各參與方之間相互聯系的工作方式與運行內容，即采取什麽樣的手段來保證參與各方合作促進科技成果轉化的順利進行，從而實現資源的交換和***享。科研單位與企業的合作，是發達國家在知識的轉讓方面的重要特色，不僅將知識和新技術迅速地擴散，而且也有效地保證了對於科研的持續正向激勵。國外科研單位與企業的合作主要有以下幾種模式（李征峰，熊超，2002）。
（壹）科學園區模式
科學園是指在某壹特定領域中，大量產業聯系密切的企業以及相關支撐機構在空間上集聚，並形成了強勁、持續競爭優勢的現象。作為科學、教育與工業結合的壹種經濟、社會現象，科學園區發端於20世紀50年代美國的斯坦福研究園和蘇聯的新西伯利亞科學城。之後，它們作為高校、科研機構發展高科技產業和科研成果轉化的集結地，依靠智力資源開發對世界經濟和社會發展產生強烈影響，受到了各國政府的重視和支持。美國成功地建立了許多科技園區，加速了美國科技成果轉化領先於世界的步伐。1951年，舉世聞名的矽谷建立，矽谷是以斯坦福大學為中心而建立起來的高技術密集區，孕育了享譽世界的現代科技文化。科技園區的創立，成為人才的孵化器，為致力於創業的有誌者提供了技術、信息和資金的保障。它壹方面扶持大學創辦各種高技術開發公司，加快大學科研成果向產業的轉化過程；另壹方面鼓勵企業在那些有應用前景並能在較短時間內開發出高技術產品的科研項目進行研究。這種創新中心壹般由NSF（國家科學基金）資助，創新中心通過多種方式扶持這些高技術公司，旨在幫助高新技術公司盡快將其科研成果產業化（鄭立文，馮英娟，2003）。
西方發達國家在科技成果產業化道路的探索上都致力於科學園區設施的建立與各項規章制度的完善，為科技成果轉化註入催化劑。英國的科學園是根據企業規模大小、成熟度高低的順序依次進入創新園、科學園和企業園。這些企業大多依托壹流大學形成壹個產業群體或者簇群，集群之中的企業不是相互競爭關系，而是相互依托、互生互存、***同促進的新型企業生存方式。除斯坦福研究園、劍橋科學園等少數科學城是在綜合研究能力極強的大學基礎上建立的以外，多數科學園區都是由若幹個大學和科研機構聯合組成的，通過聚集效應提高高科技開發能力，如法蘭西科學城集中了法國60%的大學和43%的科研機構，***有3萬多科研人員和8000多家高科技公司（李征峰，熊超，2002）。為了產生集群效應，日本政府出資在全國建立了築波大學科學城、關西科學城、橫濱市高新技術園地、九州七縣的高新技術園等合作研究的場地（徐鵬傑，2010）。另外，德國也非常重視利用高技術園區的建設來促進科技成果轉化。自1983年起，德國政府制定了新技術創業企業促進規劃，創建技、工、貿、金四位壹體的高新技術科技園區80多個，極大地促進了德國經濟的發展（萬金榮，2006）。
科學城和高新技術園的設立，既培養和積聚了大批新的科技人才，又促進了大學教學模式的變革，而且最主要的是集約、規模、快速地促進了新技術、新產業和新產品的研發。科學園區的規劃壹般由國家、地方、國家與地方聯合或者有條件的大學來承擔。科學園區建設資金的來源有各種渠道，包括政府撥款、工業界資助、民間集資、風險投資、外國投資等。許多國家在建設科學園區進程中，都十分重視通過制定專門的或相關的法律、法規，對科學園區采取各種優惠政策，如房地產租售優惠、設備折舊優惠、稅收優惠、貸款優惠、外資引進優惠等，還有的國家為投資者提供壹系列的技術服務咨詢和行政幫助。
（二）科研機構自辦公司模式
科技成果與產業化還有壹段距離，僅僅轉讓給企業或利用技術創辦壹家新型科技企業，技術成果並不壹定能得到順利轉化。為此，許多國外的科研單位，尤其是高校都自辦公司，積極推動科技成果的轉化。在美國，很多高校的科研人員離開學校自己建立公司，開發自己的科研成果，依賴現有公司的各種有利條件來實現科技成果的產業化，即所謂的“高校派生企業公司（Academic Spin of Firms）”。因此，美國高校的企業活動往往是個人的創業行為，校辦科技企業並不多。除此以外，美國政府對於大學的財務運作采取非常開放的態度，壹些名校都擁有巨額財產和基金。哈佛大學資產年報酬率高達20%以上，其中占基金1/3的國內股的投資報酬率為38.5%；耶魯大學還成立專門商業機構促銷研究成果，僅此壹項1998年獲利4000萬美元（李征峰，熊超，2002）。
在德國，大學支持和幫助師生創辦公司。柏林工業大學技術轉讓處經常舉辦培訓班，給學生傳授自己當老板的經驗及必要的知識，了解法律程序等。大學支持願意創業的畢業生開辦自己的公司，在初創兩年內可以給學生提供用房、儀器設備等優惠條件，教授在他們的公司開業初期可以給予咨詢。巴伐利亞州促進新公司成立的法規規定，大學的師生創立新公司，可以有1/2的時間做公司的事情，工資可以由大學提供，在半年以內該公司可以免費使用大學的設備等（遲寶旭，2005）。
在澳大利亞，全國36所公立大學中已有34所高校擁有自己的公司來銷售各種研究成果或通過國內外培訓增加收入。1996年，由澳大利亞高校經營的大約50家商業性實體，其總收入超達2.8億美元，1997年的收入達到前三年總和的兩倍。
（三）中介搭橋模式
中介搭橋模式就是利用專門的中介組織，幫助科研單位科技成果向產業界轉化。英國教學公司是由英國貿工部、環境部、科學與工程研究委員會等***同組建的中介機構，其目的是幫助高校與企業建立夥伴關系，目前，該機構已與近百所大學建立科研聯系。英國近壹半的大學還設有多學科研究中心，專門從事促進高校與企業建立研究、開發、技術轉讓和培訓等方面協作關系的工作，如劍橋大學1973年就成立了沃夫森產業聯絡辦公室，協調幫助各院系和個人建立同產業界的合作，並衍生出許多高科技企業。美國和德國也不例外，美國多數大學建有技術轉讓機構，充當大學向產業界技術轉讓的橋梁。德國的中介服務機構在科技成果轉化過程中發揮著重要作用，幫助各個行業的中小企業開展研發活動，促進研究成果盡快在實際中應用。日本也於1998年成立了第壹家高科技孵化中心股份公司，其註冊資金1000萬日元，全部由東京大學教師出資。此外日本還在多所國立大學建立了與社會聯合、合作為業務的“研究合作處”（李征峰，熊超，2002）。
（四）研企合作模式
研企合作是科研與社會經濟發展相適應的內在需要，也是促進社會經濟發展的“原動力”。各國在研究院與企業合作實踐上各具特色。合作的方式大體分為合作研究和委托研究兩種。英國、美國的科研單位多數是通過聯合聘請教授和科研人員、資助研究發展項目和相互提供服務等形式與企業界建立廣泛聯系。在英國，大學接受企業的資助，開發應用科研成果，促進科研成果向經濟界轉化。美國的合作研究方式大致分為4種：①單壹的工業企業對大學研究計劃提供資金，工業企業則有權在大學研究的基礎上進行研制工作。②公司對大學研究計劃提供資金，聯合研制，***同取得成果。③工業-大學聯合建立實驗室，實驗室***用。④大學-工業合作研究。美國國家科學基金會（NSF）從20世紀70年代起就在許多大學設立大學-工業合作研究中心，簡稱IUCRC，為了加強跨學科與高技術領域的研究與開發，80年代又在大學建立工程研究中心，簡稱ERC。這種研究中心以企業為主體，企業提出課題需求，進行行業***性技術攻關，並獲得政府研究基金的資助。如曼徹斯特大學聚合體研究中心於1980年由曼徹斯特大學和14家大企業聯合成立，這些大企業提供了該中心所需經費的50%以上。當今美國的合作研究中心已成為第二次世界大戰後科研體制發展的決定因素，在開發“大科學”工程中起著領導作用。
在日本，合作研究被稱為***同研究制度，是大學的研究人員和民間企業的研究人員利用企業提供的經費，對***同的研究課題在對等的基礎上開展的聯合研究。如日立、日本電氣、富士通公司和東京大學合作進行集成電路和中央演算裝置的開發。接受企業的委托研究在日本被稱作委托研究制度，國立大學的研究人員在不妨礙各自教學科研的情況下，接受民間企業委托的研究課題，利用企業提供的資金進行研究。
在德國也存在類似的合作，高等學校接受企業的科研任務，與企業進行“合同研究”，為企業的生產需要服務。如亞深高等工科學校的機床研究所，每年都能從工業部門取得科研經費的1/3。
（五）“官產研”三位壹體模式
官（國家科研機構）、產（企業）、研（科研單位）三方面的科研，由於性質和任務不同，其內容和側重點也不壹樣。科技力量這種分工的弊端是各自為政、互相隔絕，尤其對國家重大科研課題不利。對此，壹些發達國家促成三方面的合作，以利於發揮各自優勢，組成最佳聯合攻關隊伍。如德國的弗朗霍夫協會就是在政府機構、科研組織和企業群體整合的基礎上形成的“官產學研”壹體化組織。該協會的經費來源於聯邦政府、州政府和企業界，各自承擔1/3。其主要從事理論、應用及開發研究，所承擔工業研究課題的60%受中小企業委托。該協會的研究成果已經在現代生活中發揮著重要作用（楊萍，張源，2010）。
日本的“官產研”三位壹體，是以政府科研機構為主導，以企業科研力量為主體，吸收大學參加的三結合體制。日本政府鼓勵與引導產學研結合，積極采取扶持政策及鼓勵措施，為科研成果擁有者與有意進行技術開發的企業牽線搭橋。在技術專家的指導與咨詢的基礎上，廣泛收集有研發價值的科技成果，向企業推薦並協助開發。為促進科研院所與企業開展***同研究，自1987年起，日本文部省首先在國立大學設立“合作研究中心”，為產學合作提供固定的場所和必要的研究條件。可以說，日本的“官產研”三位壹體，不僅促進了日本科技水平的提高，縮短了科研成果到產品開發的時間，而且培養了壹批新技術人才。
在美國，壹些高新技術、尖端技術項目開發難度大、耗資大、風險大，不是個別企業哪怕是大公司能勝任的。受阿波羅計劃和歐洲空間計劃的影響，由美國若幹大公司合資，聯合有關大學和政府研究機構組建並成立的研究開發集團應運而生，有力地促進了企業、高校、研究機構、政府及中介組織的合作。國家實驗室於1974年建立了“新技術轉移聯合體”，成員有300多個國家實驗室和幾個政府部門及部分工業企業，其主要任務是要通過信息交流，幫助工業界尋找合適的研究開發夥伴，建立示範項目，加速科技成果的商品化、產業化（倪力亞，1996）。
除了以上幾種合作模式外，壹些國家還充分利用國外的優勢資源，開展國際科技合作，提高科技成果轉化的效率。美國通過政府間合作、民間科技合作、***建聯合實驗室、研發中心以及獲取來自國際基金會或非政府組織國際基金會的資助等方式，廣泛開展國際科技合作。日本也與瑞典、英國的劍橋大學、格拉斯哥大學、諾丁漢大學建立了國際交流合作關系，***同開展電子學方面的尖端科學研究。