負責文秘、會議、機要、檔案、信息、保密、接待和安全工作；負責財務、資產、車輛管理等後勤服務；負責機關及直屬單位退休人員的機構編制、人事管理和服務管理；負責辦理NPC代表和CPPCC委員的建議和議案；負責信訪穩定工作；負責綜合協調和聯絡工作。
(2)發展規劃辦公室
研究國民經濟和社會發展的重大戰略、方針、政策和全局性重大問題，提出政策建議；組織或參與起草相關法律、法規和規範性文件；制定國民經濟和社會發展中長期規劃，組織協調經濟和社會發展專項規劃和區域規劃；研究、制定並發布全市產業發展指導目錄；負責行政復議、行政訴訟和委員會日常法律事務；研究全市經濟體制改革的長遠規劃和年度綜合改革實施計劃，提出完善社會主義市場經濟體制和推進經濟體制改革的建議。
(3)國民經濟綜合辦公室(市國民經濟動員辦公室)
研究提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡和結構調整的目標和政策建議；研究市內外經濟發展形勢，進行宏觀經濟預測和預警，提出宏觀調控的政策建議；研究制定國民經濟和社會發展年度計劃，提出年度總量平衡、發展速度和結構調整的目標和政策，提出促進經濟增長、增加就業、穩定物價的宏觀調控目標和政策建議；提出推進城鎮化的發展戰略和政策；負責綜合文稿、報告、領導講話等書面材料的起草和審核；承辦市國民經濟動員辦公室的工作；負責黨內新聞發布和宣傳工作。
(4)固定資產投資辦公室
監測和分析全社會固定資產投資，提出固定資產投資的總規模、結構和資金來源；研究提出投資領域的重大政策和建設領域的重大政策；負責固定資產投資項目審批、固定資產投資項目核準、固定資產投資項目備案和固定資產投資項目申報；負責全市固定資產投資年度項目計劃，參與編制政府投融資計劃；研究提出全市城鎮化建設投資政策和重大項目規劃；負責審批使用財政資金(包括貸款資金和政府擔保的國債)的項目；負責投資項目的評估和政府投資項目的審計監督，提高政府投資效益；根據分工參與項目竣工驗收和評估；協調行政服務中心窗口的審批工作；指導全市工程咨詢業的發展。
(五)利用外資司
研究市內外資金動態，監測分析全市利用外資情況，提出利用外資戰略；負責全口徑外債的總量控制、結構優化和監測；轉移到規模以上外商直接投資項目，提出國際金融組織和外國政府貸款計劃和備選項目；咨詢有關部門，擬定《合肥市鼓勵外商投資產業指導目錄》；提出境外投資的戰略、總量、結構、外匯使用規劃和政策；指導和協調海外資源開發和大型外匯投資項目。(6)地區經濟處(對外經濟聯絡處、合肥經濟圈辦公室)
研究提出區域經濟發展戰略和政策；全面協調和落實促進中部崛起的國家戰略政策；推進合肥經濟圈建設；負責合肥皖江城市帶產業轉移示範區建設；協調土地整理、開發、利用和保護政策，負責土地規劃與土地利用總體規劃、經濟社會發展規劃的銜接和平衡，參與編制和下達土地利用年度計劃；研究提出縣域經濟發展的戰略和政策；按規定負責開發區的相關工作。
負責全市重大項目的對外聯系和推介，收集、整理和上報國家重要政策、產業布局和項目信息，爭取國家和省對我市的資金和項目支持，幫助我市企事業單位爭取國家支持，承擔領導部署的其他相關工作。
(7)資源節約和環境保護司(能源司)
研究提出能源發展戰略；組織或參與編制能源發展中長期規劃和年度計劃；指導能源開發與節約、對外合作和體制改革；負責審核、上報或審批煤、電、油、天然氣等能源建設項目，負責能源項目的平衡和管理；協調能源建設等重大問題；管理城市的石油儲備；參與制定本市環境和資源綜合利用的規劃和政策；負責促進循環經濟發展；參與編制水資源平衡和節約利用、生態建設和環境改善規劃。經濟、社會、資源、環境協調發展重大問題的綜合分析；會同有關部門推動實施可持續發展戰略；引導全社會節約能源資源，引導能源資源綜合利用；組織制定資源節約和綜合利用的規劃和政策並協調實施；組織制定資源節約和循環經濟發展的規劃和政策並協調實施；參與編制重點流域環境保護規劃和汙染控制規劃；協調環保產業和清潔生產推廣；指導和協調生態合肥建設；負責節能減排的綜合協調；承擔市節能減排領導小組的相關工作。
(8)農村經濟區劃
監測和分析農業和農村經濟發展情況，研究提出農業和農村經濟發展戰略、政策和體制改革的建議；組織編制全市農業、林業、水利、水產、畜牧等發展規劃和年度計劃，安排農業和農村重大建設項目，負責全市以工代賑工作；研究提出全社會水利建設固定資產投資總規模，承擔上級安排的對口支援、扶貧和移民安置工作。
(9)行業協調辦公室
研究提出新型工業化發展戰略，提出全市工業總量平衡和結構調整的目標和政策；對工業現代化實施宏觀指導，提出體制改革的相關建議；組織編制工業發展總體規劃和重點行業、支柱產業的中長期規劃；聯系和平衡行業規劃；規劃重大項目布局，根據分工負責重大工業項目的審核；負責重大工業項目儲備；協調市屬重點工業企業集團的重大問題；參與工業發展“三高”(高增長、高加工度、高附加值)資金管理。
㈩貿易和服務處
負責重要商品的總量平衡和宏觀調控；編制重要農產品進出口總量計劃並監督實施；編制重要商品儲備計劃，指導國家糧棉儲備，協調和監督國家和省重要物資的訂購、儲備、輪換和投放；制定現代物流業發展戰略，組織編制現代物流業發展規劃，協調流通體制改革中的重大問題；研究提出服務業發展戰略、規劃和政策建議，指導和綜合協調服務業發展；連接和平衡服務業和其他產業的發展；管理引導服務業發展資金。(11)高技術產業司
研究提出全市高新技術產業發展戰略；銜接平衡高技術產業發展規劃，研究提出重大高技術產業項目，組織實施重大產業化前期關鍵技術和成套設備的研發和示範工程；研究提出引導科技投入、優化科技成果產業化資金配置、促進國民經濟新興產業形成的政策；研究提出用高新技術特別是信息技術改造傳統產業的政策；研究提出戰略性新興產業發展規劃和政策。
(十二)社會發展司
研究全市社會發展戰略，協調社會事業發展和改革中的重大問題；編制全市人口、文化、教育、衛生、民政等社會事業的中長期和年度規劃；編制社會事業專項投資計劃，安排社會發展專項資金和補助；參與編制高等學校招生計劃和中等專業學校招生指導計劃。
(十三)重點項目辦公室(重點項目督查辦公室)
綜合管理全市重大建設項目；提出市重點建設項目計劃；負責組織重點建設項目的竣工驗收和後評價；承擔市重點建設領導小組辦公室的日常工作；承擔市“1346”行動計劃重點建設項目領導小組辦公室的工作；負責對接省“861”行動計劃項目；負責合肥市重點項目庫的建設。監督檢查使用財政資金(包括政府擔保的貸款資金和國債資金)的項目和國家、省、市重點項目；根據國家產業政策，對全社會建設項目進行稽察，配合國家和省重大項目稽察特派員辦公室開展工作。
(14)財務部(信貸合肥建設辦公室)
編制地方公司債券計劃並監督實施；參與制定股票和其他證券發行計劃；參與金融市場的管理；承擔合肥市信用建設辦公室的工作；參與制定資本市場發展戰略；負責公司債券等證券發行的初步審批。
(15)交通廳(市鐵建辦)
研究交通發展，提出交通發展戰略、規劃和體制改革建議；負責各種運輸方式之間發展計劃的銜接和重大問題的協調；制定促進交通技術進步的政策，對交通現代化進行宏觀指導；銜接項目布局，審核重大交通建設項目；研究提出交通行業專項投資年度計劃。
負責協調鐵路發展規劃與國民經濟和社會發展規劃及計劃的銜接和平衡；審批鐵路建設計劃和項目；承擔鐵路項目布局節點的銜接及相關協調服務。承擔市鐵路建設協調領導小組辦公室的工作。
紀檢(監察)機構和機關黨組織按照有關文件建立。