雖然住房公積金管理機構制定的《個人住房擔保委托貸款辦法》和中國人民銀行等金融機構頒布實施的《個人住房貸款管理辦法》都是針對購房資金匱乏人群的貸款，但又有所不同。具體區別如下:
第壹，貸款對象不同。住房公積金管理機構發放的住房抵押貸款，對象為住房公積金繳存人和匯繳單位退休職工，貸款對象必須符合以下條件:
1.住房公積金已連續繳存6個月或者已繳存24個月以上且仍在繳存的。
2.有穩定的職業和收入，有償還貸款本息的能力。
3、具有購房合同或相關證明文件。
4.提供住房公積金管理中心及其分中心同意的擔保方式。
5、符合住房資金管理中心規定的其他條件。
壹般金融機構發放的住房抵押貸款的對象應該是具有完全民事行為能力的自然人，即不限於住房公積金繳存人和退休職工，也就是說其對象範圍大於前者。
第二，貸款額度不同。壹般金融機構發放的住房抵押貸款最高貸款額度不得超過購房款的80%。
第三，貸款手續不同。公積金貸款必須先向住房資金管理中心提出申請，並接受住房資金管理中心的初審。初審合格後，由住房資金管理中心出具證明，方可辦理公積金貸款。所以公積金貸款的手續比壹般住房貸款要復雜。借款人簽訂購房合同後，向相關銀行經辦機構或與銀行簽訂合作協議的開發商提供相關材料，即可直接辦理商業貸款。
第四，貸款利率不同。公積金貸款利率是在住房公積金利率的基礎上，按照國家規定加上規定的利差。
五、公積金貸款比商業貸款多收評估費。商業貸款是不需要評估的，但是用公積金貸款購買商品房，目前必須進行評估，必須繳納評估費。商業貸款比公積金貸款要花更多的律師費。商業貸款委托律師事務所對借款人進行資信調查，律師收取4‰的律師費，公積金貸款不需要個人支付律師費。
從以上分析可以看出，住房公積金管理機構雖然對貸款對象進行了限制，但僅限於住房公積金繳存人和退休職工。貸款手續也有點麻煩，但住房公積金管理機構發放的按揭貸款利率低於壹般金融機構發放的住房按揭貸款利率。因此，它仍然是壹種非常優惠和受歡迎的貸款形式。