公積金貸款扣款程序是銀行設置的自動扣款業務。只要第壹次扣款不成功，系統就會自動發起第二次扣款。簡單來說，無論是銀行商業貸款還是公積金貸款，都是由電腦系統自動扣款。如果第壹次扣費不成功，後面會再扣壹次。
1.首先要說明的是，扣款日是合同中約定的，指的是銀行每月從妳還款賬戶轉賬的時間。如果扣款日的存款有可能逾期，您應在還款日的前壹天之後將還款金額全額存入還款賬戶。
2.在自由還款的情況下，借款人可通過兩種方式償還逾期的個人貸款:
(1)借款人在合同約定的還款日償還逾期個人貸款時，可通過撥打電話委托系統查詢至少下壹還款日需要償還的貸款金額(該金額應為逾期貸款本息、罰息、低還款額之和)，即借款人在下壹還款日按照該金額還款，則該筆貸款不逾期。
借款人通過撥打電話委托系統或在貸款業務部門簽署《借款人調整月還款額通知書》，確定下壹還款日的還款額。
(2)借款人在合同未約定的還款日償還逾期個人貸款時，必須持本人身份證原件到貸款業務部門櫃臺辦理相關手續。借款人先向貸款業務部門提出申請，約定還款日期。約定還款日為借款人在管理部門辦理還款手續後三天(不含)至下壹個約定還款日(不含)。
但借款人每期只能在合同未約定的還款日到櫃臺辦理壹次逾期個人貸款還款手續。借款人應填寫《個人住房擔保委托貸款逾期還款承諾書》(壹式兩份，個人壹份，貸款業務部門壹份)。
例如，在貸款職工簽訂的委托按月還貸協議有效期內，住房公積金年度基數調整、公積金月繳存額發生變化的，在按月扣款操作過程中，除職工公積金繳存賬戶外，應當保留不低於協議簽訂時月繳存額12倍的余額。
在扣款日，公積金系統會自動從新調整的月繳存賬戶中轉出大於規定余額的月繳存額，用於償還公積金貸款。公積金賬戶每月存款除待留存余額外不足壹個月的，待賬戶符合扣款條件後再進行操作。
擴展數據:
公積金貸款後辦理房產證的方法:
如果買壹手房，辦理房產證的流程如下:
1.簽訂委托協議:通常購房合同中有壹條關於委托開發商辦理房產證的條款，可視為單獨的委托協議。
2.繳納各種費用:繳納房產證、公共維修基金、契稅、印花稅等中介費，開發商在辦理入住手續時往往會要求繳納這些費用。
3.按約定時間領取房產證:開發商或代理公司繳納上述稅費後，辦理房產證並辦理抵押登記後，即可領取房產證。
參考資料:
百度百科-公積金貸款