根據上述職責，我中心內設5個科室，下設17個縣（市）辦事處：
（1）秘書科
負責綜合協調工作；負責文件收發；負責綜合性文件、材料起草呈報和各種會議的組織；負責人事、檔案管理；負責機關後勤、保衛、綜合治理、計劃生育及其他事務性工作。
（2）計劃財務科
負責編制市本級住房公積金的預算；負責全市住房公積金的財務計劃統計報表工作；負責市本級住房公積金的財務核算工作，辦理住房公積金支取、放貸工作；負責人員經費財務管理；負責縣（市）住房公積金的核算，核定、管理派駐縣（市）辦事處的經費。
（3）歸集科
負責督促市城區單位按規定繳存住房公積金；負責市本級單位職工住房公積金的繳存、轉移、提取使用記載等工作；負責做好市城區單位、個人住房公積金的對賬和計息工作；負責市城區住房公積金本息的查詢、打卡工作；負責全市住房公積金歸集政策擬定、檢查、落實；負責市城區住房公積金支取的審核；負責全市住房公積金支取政策的擬定。
（4）信貸科
負責市城區職工貸款的調查、審核工作；負責記載市城區職工貸款的發放、回收等情況，督促借款人按時歸還貸款；負責保管、歸還借款人的抵押物（證）；負責全市住房公積金信貸政策的擬定、檢查、落實，對縣（市）辦事處公積金貸款進行規模審批。
（5）督查與信息科
負責住房公積金的政策調研工作；負責住房公積金管理有關文件的起草呈報；負責協調全市電算化管理工作；負責督促檢查縣（市）辦事處的日常工作；負責縣（市）落實《住房公積金管理條例》的督查。
（6）縣（市）辦事處
市中心下設贛縣、大余、崇義、上猶、信豐、全南、興國、瑞金、石城、尋烏、安遠、南康、龍南、會昌、於都、定南、寧都17個辦事處，辦事處承擔的職責是：
（1）貫徹執行國家、省住房公積金管理的方針、政策，執行全市住房公積金中心制定的繳交、提取、使用管理辦法。
（2）負責本縣（市）住房公積金的管理業務工作。
（3）負責本縣（市）住房公積金的繳存、提取、使用。
（4）承辦市住房公積金管理中心交辦的其他事項。