我國農村金融體系比較成功的把農村剩余資金轉化為儲蓄，農村儲蓄在向農村投資轉化過程中受阻，農村較多的資金流出農村。因此，目前我國農村金融面臨的最大問題是農村資金的外流。閑置資金轉化為農村儲蓄的現狀，我國農民儲蓄率高，我國農民具有較強的儲蓄能力較高的儲蓄率較大的儲蓄額，這是農村金融機構能夠吸收大量存款的根本原因，為農村資金外流奠定了基礎，提供了可能。農村儲蓄轉化為農村投資主要表現為貸款，從農業得到的貸款與農業對國民經濟的貢獻及其不相稱。雖然我國農村貸款有了較大幅度的增加，但是與農業對國民經濟的貢獻和其他產業的到的貸款相比，支持率偏低。
改革開放三十年過去了，農業貸款的相對份額不但沒有得到任何改善，而且呈現不斷擴大的趨勢。沒有充分發揮農村金融體系對農業的應有的支持，我國農業貸款仍有巨大的潛力。農村存款大於貸款，農村存款與農村貸款不僅差額越來越大其增長速度明顯加快，存貸款額逐年增大資金外流嚴重。相對於工業城市居民城市，農業比較利益低下，農民收入低，農村居住分散交通不便捷，造成對農業農戶及農村企業的貸款無利可圖，甚至虧損，壹些商業銀行的分支機構無法延伸到偏遠的農村，甚至從廣大農村地區撤出，導致農村金融發展十分緩慢。
目前我國金融體系缺乏足夠規避農業自然風險和市場風險的機制。由於農業經常面臨巨大的自然風險和變化多端的市場風險，如果沒有相應的規避機制或者規避機制不健全，往往是農業生產者及其有關參與者不得不面臨巨大的難以承受的自然和市場風險。出於理性的選擇，有關的農業參與者會減少對農業的投入，農村金融機構也相應的減少了對農業的貸款。農村社會信用體系不健全使得農村金融機構難以了解農村企業和個人的資信情況，導致農村信貸過程中逆向選擇和道德風險等機會主義盛行，農村金融機構惜貸嚴重，大量資金流向城市和工業。農村金融機構規模小風險大，儲蓄存款向大銀行集中的現象比較突出，制約了農村中小金融機構的發展也導致大量農村資金外流。