1、本罪與非罪的界限
區分二者也應當從主觀方面與客觀方面兩方面去把握。從主觀方面看，如果行為人的確不知道其所攜帶、運輸、郵寄過境的是珍貴動物及其制品，即其主觀上沒有故意，不能認為其構成走私珍貴動物、珍貴動物制品罪，從客觀方面看，如果行為人走私行為的對象只是壹般的動物及其制品，壹般不以犯罪論處。當然， 如果其走私壹般動物及其制品，偷逃應稅數額較大，可以構成走私普通貨物、物品罪。
2、本罪與非法收購、出售珍貴、瀕危野生動物、珍貴動物制品罪的界限
非法收購、出售珍貴、瀕危野生動物、珍貴動物制品罪是指違反野生動物保護法規，非法收購、出售國家重點保護的珍貴、瀕危野生動物及其制品的行為。它與走私珍貴動物、珍貴動物制品罪在犯罪對象上有壹致之處，且在客觀方面，走私珍貴動物及其制品的犯罪分子往往具有收買、倒賣的行為表現，故而二罪有壹定相似之處。關鍵在於兩罪侵犯的客體不同；走私珍貴動物、珍貴動物制品罪侵犯的客體是國家對外貿易管制，而非法收購、出售珍貴、瀕危野生動物、珍貴動物制品罪侵犯的客體則是國家對野生動物資源的保護制度。所以，在實踐中，行為人在內海、領海運輸、收購、販賣國家禁止出口的珍貴動物及其制品，或者走私集團的成員分工在國內負責收購珍貴動物及其制品以及受走私團夥的收買、指使，幫助收購珍貴動物及其制品，這些行為均應認定為走私珍貴動物、珍貴動物制品罪，而不是非法收購、出售珍貴、瀕危野生動物罪。
3、為走私珍貴動物及其制品的罪犯提供便利條件行為的認定
根據本法第156條的規定，與走私珍貴動物及其制品的罪犯通謀，為其提供貸款、資金、帳號、發票、證明，或者為其提供運輸、保管、郵寄或其他方便的，應以走私珍貴動物、珍貴動物制品罪的***犯論處。
4、以暴力、威脅方法抗拒緝私行為的認定。走私珍貴動物及其制品，並以暴力、威脅的方法抗拒海關人員的緝查，根據本法第157條規定，應以走私珍貴動物、珍貴動物制品罪和妨害公務罪對其進行數罪並罰。