異地公積金貸款還款不壹定是從公積金裏扣，公積金貸款既可以使用自己的自有資金還款，也可以使用公積金賬戶余額進行還貸。如果用戶想要使用公積金賬戶余額進行還貸，那麽可以辦理沖還貸業務，即委托銀行提取個人公積金賬戶余額去償還貸款，主要有年沖和月沖兩種方式。申請公積金貸款後需要按時償還貸款，如果出現未按規定及時還款的情況，是會直接影響自己的個人征信的。住房公積金賬戶內余額大於所需還款額時，從公積金賬戶內直接扣除。賬戶余額不足以抵扣還款額時，需往公積金聯名卡內存所需還款額。需要註意存入數額必須等於或大於本期還款數額，不能存入小於公積金的數額。每月1-20日到貸款銀行用現金償還貸款本息。
公積金貸款的流程：
1、初審：由住房資金管理中心對申請人提交的材料進行初步審查，包括申請人資格、貸款額度、貸款期限，初審合格以後，由中心出具《抵押物審核評估通知單》；
2、評估：申請人持《抵押物審核評估通知單》到中心指定的評估機構，對所購買的房屋價值進行評估。經濟適用房不需要評估；
3、審核：申請人持評估機構出具的《評估報告》以及中心要求的初審材料到中心進行貸款審核。如果合格，中心開具《住房資金管理中心擔保委托貸款調查通知單》；
4、辦理擔保手續：申請人持《住房資金管理中心擔保委托貸款調查通知單》，按照自己選擇的擔保方式辦理擔保手續。如果選擇抵押 保證的方式，保證人應該出具書面的擔保函；如果選擇抵押 保險或第三人保證的方式，應該到保險公司投保或到擔保機構辦理委托擔保手續；
5、簽訂借款合同；
6、住房資金管理中心與受托行簽訂委托貸款協議；
7、借款人直接向住房資金管理中心提出貸款申請，受托行業可根據需要，代為收集借款人申請，統壹交住房資金管理中心審核、審批；
8、住房資金管理中心對每筆貸款金額、期限、利率審批同意後，與受托行簽訂委托貸款合同。
綜上所述，公積金貸款每月還款可以從公積金賬戶扣除，也可使用現金支付或是銀行的儲蓄賬戶。當住房公積金賬戶內余額大於所需還款額時，從公積金賬戶內直接扣除。
法律依據：
《住房公積金管理條例》第二十四條
職工有下列情形之壹的，可以提取職工住房公積金賬戶內的存儲余額：
（壹）購買、建造、翻建、大修自住住房的；
（二）離休、退休的；
（三）完全喪失勞動能力，並與單位終止勞動關系的；
（四）出境定居的；
（五）償還購房貸款本息的；
（六）房租超出家庭工資收入的規定比例的。
依照前款第（二）、（三）、（四）項規定，提取職工住房公積金的，應當同時註銷職工住房公積金賬戶。
職工死亡或者被宣告死亡的，職工的繼承人、受遺贈人可以提取職工住房公積金賬戶內的存儲余額；無繼承人也無受遺贈人的，職工住房公積金賬戶內的存儲余額納入住房公積金的增值收益。