伊通地處長白山脈向松遼平原過渡的丘陵地帶。東南部和西北部分屬吉林哈達嶺余脈和大黑山脈，多為連綿起伏的低山丘陵，占伊通滿族自治縣總面積的60.8%。境內最高點為河源鎮青頂山，海拔611米。 中部、西部為伊通河與東遼河的沖積平原和侵蝕臺地，地勢大致由南向北傾斜。境內地貌按成因和形態可分6種類型。
構造剝蝕低山：分布在西北部大黑山、東部碾子山和東南部青頂山壹帶，面積41平方公裏。海拔高度為 500～611米，相對高差為221～313米。多陡坡峻嶺。
剝蝕丘陵：分布在南北兩側山區。風化厚度1～30米，海拔高度為275～500米，相對高差為50～150米。山體起伏較小，大部分丘陵較平緩，山頂呈渾圓狀，山間谷地較發育。
波狀臺地：分布於地塹平原中，臺地面呈波狀起伏，坡度甚小。在西南部小孤山、三道壹帶臺地後緣沖溝較發育，並出現壹些陡坎。臺地海拔高度為223～270米，相對高差為10～20米。
山前傾斜臺地：屬剝蝕堆積地形，分布於山間溝谷坡角地帶和較大河谷上遊的部分地段，其後部與丘陵相接。海拔高度為280～340米，相對高差為10～20米。
河谷平原：分布於伊通河、孤山河、伊丹河等河流的河谷中，包括壹級階地和二級階地的全部面積。壹級階地沿河床兩側分布，標高219～229米，低於二級階地0.5～1.0米。縣城就座落在壹級階地上。
火山地貌：伊通境內有16座火山，呈兩列分布於依蘭──伊通斷裂帶的南端，即處在伊通斷陷盆地內，海拔高度為225～430米，相對高差為15～150米不等。分布方向與斷裂方向壹致，即東北～西南走向。 日照：全年太陽總輻射量為118900千卡/平方厘米。其中以5月為最多，達14646千卡/平方厘米。在5～9月整個農作物生長期內，太陽總輻射量有64911千卡/平方厘米。
氣溫：年平均氣溫5.5℃，最熱的7月平均氣溫22.7℃，最冷的1月平均氣溫-17.1℃，年較差為39.8℃。極端最高氣溫35.5℃，出現在1972年7月18日；極端最低氣溫零下40. 2℃。
霜期：多年平均初霜日9月23日，終霜日5月7日， 霜期長達227天，無霜期僅為138天。東南部山區的河源鎮和營城子鎮的部分地方，多在9月上旬見初霜， 次年5月中旬終霜，無霜期較縣內中西部地區少15～20天。
降水：伊通滿族自治縣年平均降水量為651.7毫米。 降水的年變率為18.5%。壹年四季降水不均衡，春季降水91.3毫米，占全年降水量的14.4%。夏季降水414.1毫米， 占全年降水量的66.2%。秋季降水108毫米，占全年降水量的16.9%。冬季降水（雪）14.4毫米，僅占全年降水量的2.5%。
風速：伊通滿族自治縣年平均風速為2.2米/秒，春季為4.3米/秒，夏季為2.6米/秒，秋季和冬季均為3.0米/秒。全年主要風向頻率出現較多的是靜風占19%，東南風占16%，西南風占11%。 伊通滿族自治縣屬於溫帶針闊葉混交林區域，森林覆蓋率為 27.7%。立木蓄積量為355萬立方米。
喬木：主要有柞、山楊、椴、山榆、曲柳、山槐、樺等；
灌木：有榛、胡枝子、山玫瑰等。
針葉樹：以落葉松為最多。
伊通滿族自治縣人工林面積29873公頃，占林地總面積的36%，樹種以落葉松為主。 獸類：有狼、狐、貍、麅子、貉子、灰鼠、松鼠、香鼠、鼬、刺猬、野兔等；
禽類：有環頸雉、沙斑雞、鵪鶉、大山雀、蘇雀、麻雀、鐵雀、斑鳩、啄木鳥、布谷鳥、喜鵲、烏鴉、燕子、野鴨等；
魚類：有鯉魚、鯽魚、鰱魚、鱅魚、草魚、鯰魚、青魚、泥鰍魚等。 藥用植物：有細辛、五味子、黃芪、五加皮、狼毒等178種，多分布在東南部山區，次為西北部山區。
野菜：有寒蔥、蕨菜、山芹菜、莧菜、薺菜、車前、蒲公英、小根蒜、苦菜、黃花菜、柳蒿芽、貓爪菜、山菠菜、灰菜等。
食用菌：主要有白蘑、榛蘑、松蘑、油蘑、楊樹蘑、木耳、地瓜皮等。 截止2010年底，伊通滿族自治縣已發現的有金、銀、銅、鐵、鉛、鋅、硫鐵、矽石、螢石、石灰石、麥飯石、矽灰石、玄武巖、膨潤土、高嶺土、粘土、煤、石油、天然氣、礦泉水等30余種，礦產地200余處。
石油天然氣：伊通盆地莫裏青斷陷面積540平方公裏。伊通盆地勘探潛力為石油5.3億噸、天然氣1000億方以上。
金：主要分布在伊通鎮、營城子鎮、莫裏鄉等3個鄉鎮，資源總量約為7噸，平均品位是1.0—2.0克/噸，屬貧礦床；
鋅：主要分布在景臺鎮和莫裏鄉交界處的放牛溝、老虎溝壹帶，鋅金屬資源儲量達到139萬噸，屬中型礦床，平均品位9%，是吉林省有色金屬的重要接續基地；
鐵：主要分布在景臺鎮、莫裏鄉、黃嶺子鎮、營城子鎮等鄉鎮，保有資源儲量礦石量451萬噸；
銅：主要位於景臺鎮永久村，保有資源儲量315萬噸，有五個礦體；
矽石：主要分布在景臺、莫裏、馬鞍、營城子、伊通鎮等鄉鎮，遠景資源總量超過100萬噸，多數矽石礦可露天開采；
螢石：主要分布在營城子鎮、莫裏鄉、伊通鎮，資源總量約為20萬噸；
硫鐵礦：主要分布在景臺鎮放牛溝、莫裏鄉老虎溝壹帶，保有資源儲量176萬噸；
矽灰石：主要分布在二道鎮、營城子鎮、河源鎮，儲量37萬噸；
大理巖：分布較廣，預測資源總量1.8億噸以上；
麥飯石：產於大孤山鎮石匠背山，礦石保有資源儲量160萬噸，適宜露天開采；
脫硫黃土：又稱氧化鐵粉，產於放牛溝的脫硫黃土，脫硫效果極佳，最高可達99.2%；
膨潤土：主要分布在馬鞍鎮和莫裏鄉，又名斑脫巖，具有強烈的吸水性，工業儲量為143.4萬噸；
高嶺土：主要分布在景臺鎮，儲量100萬噸，預測遠景儲量約200萬噸以上，礦石呈灰白色、淺粉色，土狀結構，含二氧化矽43.18%，二氧化鋁30.14%；
煤炭：主要分布在大孤山鎮，屬褐煤，分布面積近10平方公裏，煤層厚度20余米，埋深2100米，開采難度較大。2008年，在大孤山鎮楊樹村、柴永村勘探，以探明儲量1.5億噸；
礦泉水：分布在河源鎮、景臺鎮、大孤山鎮三個鄉鎮。特別是河源鎮石頭泉眼屯蓮花泉，偏矽酸含量為38.75毫克/升，平均流量為149.25立方米/日。 農業
1994年伊通滿族自治縣糧食總產量達649000噸，被列為全國百名商品糧產糧大縣第61位。
2005年，伊通滿族自治縣***有7個鄉鎮16個村從事玉米良種繁育，品種達到24個，總面積184000畝，產量達1.1億斤，總產值可實現0.9億元。
2010年，糧食總播種面積180萬畝，占總耕地195萬畝的92.31%，其中玉米、水稻、大豆三大主糧播種面積180萬畝，占總糧面積100%，糧食總產實現20.1億斤，農業總產值實現54.3億元，比2009年增長11.2%。
林業
2010年，伊通滿族自治縣***完成造林9000畝，其中國營7200畝，民營1800畝；完成補植造林18350畝；完成村屯綠化20個、1161畝；義務植樹70萬株，栽花種草1.5萬平方米；實現了連續31年無重大森林火災的目標；10個國有林場實現利潤55萬元。
水利
2010年，伊通滿族自治縣***爭取國家和省投資項目17項，總投資7750萬元；伊通滿族自治縣四座中型水庫和四座小型水庫除險加固工程完工；完成國家農業綜合開發黑土區水土流失治理面積19.7公頃，***投資608萬元；農村飲水安全工程***建設深水井145眼，完成15個鄉鎮、98個村、128個自然屯、7座農村中小學校、4321人飲水安全問題。
畜牧
2010年，伊通滿族自治縣牧業總產值實現35.7億元，比2009年增長10.3%。牛、鹿、豬、羊、禽發展到97萬頭、12.5萬只、110萬頭、14.8萬只、3505只，分別比2009年增長19.9%、12.9%、16.7%、8.8%、8%。伊通滿族自治縣累計發展牧業小區294個。營城子黃牛交易市場占地35000平方米，年交易量20萬頭左右。 商貿
2010年，伊通滿族自治縣社會消費品零售總額實現26.9億元，比上年增長19.2%。伊通滿族自治縣有大型商場6家和綜合性大市場壹處。
建設規範化達標“農家店”、“農資店”400家，建立商品配送中心壹家、配送站5個，2010年農家店銷售額突破1億元。家電下鄉銷售網點50家，補貼3200萬元。從事商品配送的業戶和企業15家。
金融
2010年，伊通滿族自治縣銀行業網點總數70個，其中商業銀行3家，即：工行2個、農行8個、建行1個；農業發展銀行；農村合作社金融機構1家，農村信用聯社35個；郵政儲蓄所23個。2010年，各項存款余額達到50.3億元，比2009年增長20.9%。城鄉居民儲蓄存款余額達到36.5億元，比2009年增長23.6%。各項貸款余額達到27.6億元，比2009年增長19.1%。