未經自治區人民政府批準，任何單位和個人不得擅自動用地方儲備糧。第五條自治區發展改革部門、糧食行政管理部門會同自治區財政部門，負責擬定地方儲備糧總規模、總體布局和動用的宏觀調控意見，指導和協調地方儲備糧的管理。
自治區糧食行政管理部門負責地方儲備糧的管理，對地方儲備糧的品種、數量、質量和儲存安全進行監督檢查；必要時，也可以委托州、市(地)糧食行政管理部門協助管理地方儲備糧。
自治區財政廳負責安排地方儲備糧的貸款利息、管理費、輪換費等財政補貼，確保及時足額撥付，並監督檢查地方儲備糧的財務執行情況。
中國農業發展銀行新疆分行負責落實地方儲備糧所需的信貸資金，並對發放的貸款實施信貸監管。第六條任何單位和個人不得破壞地方儲備糧的儲存設施，不得盜竊、哄搶或者損毀地方儲備糧。
地方儲備糧儲存地人民政府應當及時組織有關部門制止和查處破壞地方儲備糧儲存設施、盜竊、哄搶或者損毀地方儲備糧的違法行為。第二章地方儲備糧計劃第七條自治區發展改革部門、自治區糧食行政管理部門會同自治區財政部門，根據宏觀調控需要和財政承受能力，擬定地方儲備糧的儲存規模、品種和總體布局計劃，報自治區人民政府批準。第八條自治區糧食行政管理部門應當根據自治區人民政府批準的地方儲備糧的儲存規模、品種和總體布局規劃，擬定地方儲備糧的購銷計劃，經自治區發展改革和財政部門審核後，由自治區發展改革和糧食行政管理部門、 會同財政部門和中國農業發展銀行新疆分行，下發到承擔地方儲備糧承儲任務的企業(以下簡稱承儲企業)執行。
州、市(地)糧食行政管理部門根據地方儲備糧的購銷計劃，負責組織本行政區域內的承儲企業實施地方儲備糧的購銷。第九條地方儲備糧實行平衡輪換制度，每年輪換的數量壹般為地方儲備糧儲存總量的20%至30%。
州、市(地)糧食行政管理部門應當根據地方儲備糧的質量和儲存年限，制定地方儲備糧年度輪換計劃，報自治區糧食行政管理部門，由自治區糧食行政管理部門會同財政部門和中國農業發展銀行新疆分行批準。
承儲企業應當在年度輪換計劃內，根據市場供求情況實施地方儲備糧的輪換。第十條承儲企業應當每年將地方儲備糧的購銷和年度輪換計劃執行情況報自治區發展改革、糧食、財政部門備案，並抄送中國農業發展銀行新疆分行。第三章地方儲備糧的儲存第十壹條自治區糧食行政管理部門應當按照有利於地方儲備糧合理布局、集中管理和降低成本費用的原則選擇承儲企業；如有物品，可通過招標方式確定倉儲企業。
承儲企業確定後，自治區糧食行政管理部門應當與其簽訂合同，明確雙方的權利、義務和違約責任。第十二條承儲企業應當具備下列條件:
(壹)倉庫容量達到規定規模，倉庫條件符合國家標準和技術規範要求；
(二)具有與糧食儲存功能、倉型、糧食進出口方式、糧食品種和糧食儲存周期相適應的倉儲設備；
(三)具有符合國家標準的檢測地方儲備糧質量等級的儀器和場所，具備檢測儲備糧儲存期間倉內溫度、水分、雜質和害蟲密度的條件，具備與當地儲存條件相適應的機械通風系統和其他儲糧方式；
(四)有經過專業培訓的糧食儲存、檢驗、防治管理技術人員；
(五)經營管理和信譽良好，資產負債率低，無違法經營記錄；
(六)交通便利，監管方便。