本地化優勢。農村商業銀行長期以來立足於農村金融市場，在農村金融市場中發揮著不可替代的作用。農村商業銀行具有鮮明的機構所在地和社區分布，與所在地區的聯系比其他金融機構更多、更廣，可謂地方“草根銀行”。政府將農村商業銀行定義為三農。在得到國家支持的同時，還承接大量政府指定的業務，往往手續繁瑣，但收益不大。但也使農村商業銀行能夠在基層(村)活動，與群眾保持密切聯系，這是其他機構所不具備的。
資金管控的優勢。農村商業銀行的主要資金來自周邊社區，但很少像大銀行壹樣將本地吸收的資金轉移到其他地方。而是依靠自己對當地市場的了解，將主要信貸對象鎖定在社區的中小企業和個人，邀請農戶和中小企業成為農村商業銀行的股東。這樣既能快速消除國有銀行對基層資金的虹吸效應，又能有效遏制資金從欠發達社區向發達社區的大規模流動，因此比大銀行在經營區域內更能獲得當地居民的支持。農村商業銀行的優勢是在農村，植根於農村。他們是農民自己的銀行，有自己獨特的人事關系。
信息獲取效率的優勢。大銀行規模大，代理鏈條長，各銀行都有壹套嚴格的信貸審批程序，程序繁瑣，需要決策層層審批，不夠靈活，無法適應中小企業快速多變的經營。相反，農村商業銀行由於管理水平低、經營方式靈活，同時基於地域優勢，為已知和潛在客戶積累了大量的征信知識。在有必要發生信貸業務關系的時候，他們無需花費太多的時間去收集和處理借款人的信用信息，就能對客戶需求有快速的決策能力和靈活的處置能力，從而及時滿足中小企業的貸款需求，在與其他商業銀行爭奪市場的競爭中占得先機。農村商業銀行的小額信息資源和自營性，使其在減少摩擦和監管成本的同時，天然具有小額和小額信貸經營的優勢。