藏羚羊是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄I中的保護動物，是我國《野生動物保護法》中的壹級保護動物。每年仍有數以千計的這種珍稀動物被獵殺，人們用它們的絨毛編織精美柔軟的“沙圖什”披肩進行非法交易。國際動物福利基金會對這種生活在中國西部高原的珍貴而獨特的動物的保護包括:支持藏羚羊的棲息地保護和反偷獵巡邏；啟動shahtoosh貿易市場調查；組織面向消費者的教育活動；支持相關國家瀕危物種管理機構對藏羚羊絨非法貿易來源、流通渠道、消費市場等各個環節的執法行動。在青藏高原藏羚羊棲息地及其周邊地區，國際動物福利基金會通過向當地自然保護區和反盜獵組織提供通訊設備、野外設備和資金、印制宣傳材料等形式，幫助他們解決困難和組織巡邏，同時註重教育周邊群眾，有力支持了反盜獵巡邏工作。
2001年5月，國際動物福利基金會和國家森林公安局在南京聯合舉辦了藏羚羊保護與執法研討會和培訓班。來自青海、新疆、西藏三省的30名森林公安幹警就建立三省藏羚羊保護聯防聯控機制達成共識。自2002年以來，國際動物福利基金會與國家環保總局、國家林業局、森林公安局和中國瀕危物種進出口管理辦公室合作，每年舉辦壹次青海、西藏和新疆藏羚羊保護研討會。此次研討會對進壹步加強各省區保護區之間的合作，有效促進藏羚羊反盜獵執法活動和棲息地保護，維護青藏高原生物多樣性發揮了積極作用。2001年6月27日，國際動物福利基金會和印度野生動物基金會在北京、新德裏和倫敦三地同時舉行了“結束罪惡貿易——拯救瀕危藏羚羊的國際行動”新聞發布會，披露了藏羚羊絨國際非法貿易的最新調查結果，並呼籲國際社會共同努力保護藏羚羊。這些努力包括:發起壹場專門針對時裝業的公共宣傳運動，以停止市場對沙圖什披肩的需求，並向加工地印度提供信息。在藏羚羊棲息地青藏高原堅決持續地開展反偷獵行動和公眾意識教育活動。
亞洲象是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》嚴格保護和禁止的物種，是我國壹級保護野生動物。然而，目前我國野生亞洲象數量僅為250頭左右，僅存的250頭野生亞洲象也面臨著嚴峻的生存危機。對它們生存的主要威脅來自它們棲息地的逐漸喪失。野生亞洲象只生活在雲南省的西雙版納、思茅和臨滄地區。在過去的幾十年裏，森林砍伐和農業生產等人類活動使雲南野生大象的棲息地大大減少，同時引發了當地農民與野生大象爭奪生存空間的矛盾。
2000年7月，為解決思茅地區人象沖突問題，國際動物福利基金會於2000年7月與雲南省林業廳、思茅市政府合作發起“中國亞洲象及其棲息地保護項目”。該項目改變了以往僅通過提供資金來被動補償野生動物造成的損失的補償機制，轉而通過補貼當地發展農村社區經濟來緩解大象活動給農民帶來的壓力。國際動物福利基金會通過“互助基金”向當地社區提供小額扶貧貸款，鼓勵村民種植替代作物並減少森林中的農業活動，並響應政府的退耕還林政策，以保護亞洲象的棲息地。同時，該項目還為村民提供農業技術、安全教育、動物保護和棲息地保護等方面的知識培訓。通過該項目的科學研究活動，確認了大象的食物結構，並根據大象對鹽的需求在森林中建立了人工硝酸鹽池，以吸引大象遠離農田和村莊。同時，基金會還在當地社區村莊和中小學開展了“種清林”“評選綠旗家庭”等豐富多彩的環境教育活動。
2001年，通過國際動物福利基金會和當地林業部門的共同努力，思茅市政府頒布了新的五年禁獵令，有效地促進了該地區亞洲象和其他野生動物的保護。2003年，國際動物福利基金會與西雙版納國家級自然保護區合作，在西雙版納成立了亞洲象保護項目辦公室。2008年底至2009年6月5438+0日，國際動物福利基金會和西雙版納國家級自然保護區管理局聯合開展了“2009年森林和野生動物保護宣傳月”，這是2008年底亞洲象保護項目“保護宣傳月”的延續。迄今為止，國際動物福利基金會分別於2000年至2004年和2004年至2008年在普洱和西雙版納開展了第壹期和第二期亞洲象保護項目。現在亞洲象保護項目的第三階段正在進行。