(1)辦公室
負責組織協調局機關和全系統的工作；負責交通行業綜合信息和會議的組織及文件材料的起草；負責全系統的信訪、督查、年鑒、保密、值班等工作；負責行政事務、後勤管理和公務接待；負責交通局黨政印章和文件檔案的管理和使用；負責指導交通系統應急體系建設、信用體系建設和信息化建設的制定和實施。
(2)綜合計劃辦公室
編制全市綜合交通發展規劃及相關政策和標準；組織制定全市公路、軌道交通、車站、公共交通中長期發展規劃，以及年度基本建設計劃的編制、上報、下達和監督管理；負責組織全市交通基礎設施建設項目的前期工作和後評價；參與制定全市物流產業規劃和相關政策；負責交通行業招商引資；負責環境保護、統計預測和信息工作。
(3)財務部
擬定全市交通行業的投融資政策；貫徹執行公路收費項目、標準和收費管理的有關政策和規定；負責交通資金的籌措、管理、財務監督檢查、外匯和信貸；負責系統財務計劃和部門預算、決算的編制、審核、匯總和上報；負責本系統國有資產的監督管理；指導行業財務管理。
(4)人事勞動司
負責機關及直屬單位的機構編制、人事勞動管理；負責直屬單位領導班子建設和處級幹部管理，承擔局機關管理幹部的考察和任免工作；負責局直屬企事業單位幹部職工調配、職稱改革、專業技術人員管理和年度考核；負責局直屬企事業單位人員的工資、勞保福利和勞動保險；負責企事業單位工人的技術水平培訓和考核；指導行業人才隊伍建設。
(5)運輸署
貫徹執行公路、水路、軌道交通等交通行業的政策、法規和技術標準；組織協調不同運輸方式的合理布局和有效銜接；負責運輸市場、運輸服務、機動車維修、搬運裝卸、機動車性能檢測、機動車駕駛學校和駕駛員培訓的行業管理；依法加強對本市城鄉客貨運輸、地方公共交通和出租汽車的管理；按照規定承擔物流市場的相關管理工作；監督和指導車輛技術檢驗和行業聯運；負責運輸市場的行業管理，組織協調重點運輸和應急客貨運輸；負責運輸價格和收費標準的監督檢查。
(6)政策法規司
負責交通法制建設、行政執法監督、行政復議和行政訴訟；組織起草相關地方性法規和規章；承擔相關規範性文件的合法性審查工作；組織開展行業政策研究；指導交通行業的體制改革和結構調整。
(7)科技教育司
擬定並監督實施全市交通行業科技、教育的政策和計劃；組織實施重大交通科技項目、科技合作項目和國內外科技交流，推行全面質量管理；負責科技成果的鑒定和應用以及公路學會的日常工作；管理交通科技信息工作；編制交通系統職工教育中長期發展規劃和年度計劃；負責全市交通行業技術、技能鑒定、技術工人培訓；負責全市交通行業的成人教育、在職培訓、知識更新培訓、職業技術教育和學歷教育。
(8)基礎設施部
負責全市公路、水路和軌道交通建築市場的監督管理；參與制定本市公路和軌道交通建設的中長期和年度規劃；負責交通基礎設施的市場管理，審批項目法人資格和市場準入；負責交通基礎設施項目的招標管理；負責新改建項目的設計、施工許可和設計變更的審批，以及對工程質量、進度、投資和合同履行情況的監督檢查；組織協調新建重建項目的竣工(移交)驗收；監督檢查公路養護、綠化和路政管理；負責編制和管理全市公路機械設備購置計劃；負責農村公路的行業管理。
(9)審計局
負責全市交通行業的內部審計；負責對局機關和直屬單位(含具有控股或主導地位的單位)的財務收支、財務收支、經濟管理及其他重要經濟活動進行審計監督；負責直屬單位領導班子主要負責人的經濟責任審計；負責固定資產投資項目的審計和監督；負責重點建設項目的跟蹤審計；指導交通行業內部審計。
(10)安全監督辦公室
負責公路、水路、軌道交通等行業安全生產的監督管理，依法組織或者參與相關事故的調查處理；負責安保、安全和消防；負責交通行業社會治安綜合治理和公路“三亂”治理；指導全市交通治安工作。
石家莊市國防動員委員會交通戰備辦公室在市國防動員委員會和市交通局的雙重領導下，負責全市國防交通工作。
直屬單位黨委
負責局機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢(監察)室
負責局機關和直屬單位的紀檢(監察)工作。
老幹部辦公室
負責局機關和直屬單位老幹部服務工作。