(1)綜合管理部:負責中心各項工作制度的建設和實施；負責起草中心的工作計劃、工作規劃和總結；負責中心牽頭的政務活動安排和重要活動組織；綜合協調中心的公文收發、保密、宣傳、會議、調研和文化建設；負責中心的組織、人事、績效、薪酬、培訓、外事及檔案管理；負責中心紀檢監察、黨務、群眾組織、工青婦工作；負責行政、接待、後勤服務、固定資產和車輛管理及安全；協調和服務中心的所有部門。
(二)政策法規處:負責起草、修訂和報送本市住房公積金政策法規，提出相應的立法計劃；負責相關專業法律法規的宣傳教育和法規資料的收集匯編；負責中央系統的法制教育；負責對中心發布的規範性文件進行法律審查；負責國內住房公積金理論和實踐進展的動態分析；負責中心合同文件的法律審查；制定行政執法規則，組織保證金執法，為督促施工和支付提供法律保障；提出本市住房公積金制度發展規劃；組織聽證，參與行政復議和行政訴訟。
(3)計劃財務部:負責中心的財務管理，執行國家有關法律、法規、規章和財務制度；負責住房公積金資金的管理、調度和維護；制定財務工作的相關規章制度和業務流程；研究分析經濟運行情況和財稅、金融政策的發展變化趨勢，及時提出改善資金運作的方案；編制住房公積金年度收支預算和預算執行報告；編制住房公積金財務預決算報告，擬定增值收益的具體分配方案；負責住房公積金統壹核算，辦理住房公積金呆賬核銷申請；編制預決算和財務報告；準備相關的統計報告；負責中心的財務管理及銀行賬戶的設立和管理；負責會計檔案的歸檔、整理、歸檔和移交。
(4)歸集管理部:制定住房公積金歸集和提取管理的具體政策和標準，了解和分析國內歸集政策的調整情況，及時提出政策修訂建議；負責起草本市住房公積金歸集和提取的指引和操作規程，並適時進行調整；編制住房公積金歸集計劃和計劃執行情況報告；擬定征集和擴充的具體計劃和工作細則；組織實施住房公積金年度調整，督促建設和繳納；指導和協調各區管理部門的代收提取業務；指導和監督受委托銀行的收匯和提款。部門負責人肖凱曼。
(五)貸款管理部:制定住房公積金個人貸款管理的具體政策標準，了解分析國內貸款政策調整情況，及時提出政策修訂建議；負責起草本市住房公積金貸款業務指引和操作規程，並適時進行調整；編制住房公積金貸款計劃和計劃執行情況報告；負責組織實施住房公積金個人貸款的審核工作；負責住房公積金個人貸款的統計報表、信息處理、動態分析等相關業務；指導和監督受委托銀行住房公積金個人貸款業務，建立個人住房公積金貸款信用體系；負責催收逾期貸款中的住房公積金；協調和指導各區管理部的貸款業務。
(6)審計部:制定內部控制制度、風險管理制度和規則；參與中心系統和業務流程的設計，對系統的完整性和風險控制點提出建議；審核中心的財務預決算，包括資金計劃、籌集、支取、貸款計劃及其執行情況；審計內部控制制度、風險管理等項目；全面審核管理部和受委托銀行是否依法依規辦理住房公積金各項業務；負責制定受托銀行的評估計劃和規則；牽頭組織對受托銀行承辦的公積金業務進行考核；將發現的違法行為提交監管部門查處。
(7)信息管理部:負責中心信息化建設規劃和年度計劃的編制、審批和實施；負責編制信息化項目預算；負責中心的信息化建設和相關規章制度的制定、組織實施、監督檢查；負責中央計算機信息管理系統的建立、維護、管理和安全防範，保證系統的正常運行和安全，確保系統數據的安全、完整和正確；負責中心計算機及配套設備的選型及招標采購計劃的制定和實施；負責公積金門戶網站和網上業務的技術支持以及中心工作人員的計算機技能培訓；組織信息技術調研，及時了解信息技術發展動態，反映信息工作情況，提出改進意見和建議。
(八)事務受理部:負責制定和完善住房公積金信訪、咨詢、服務標準和制度；負責處理單位和員工來信來訪；接受並回復網站和熱線咨詢；接受並處理網站和熱線收到的投訴和舉報；負責咨詢和投訴信息的統計和綜合分析；負責中心管理部門咨詢服務的培訓；負責指導區管理部門的信訪工作；負責其他企業的專員培訓、政策宣講和專題講座。
(九)區管理部:負責住房公積金業務的具體操作和辦理；貫徹執行中心的規章制度和工作安排；負責按照深圳住房公積金相關政策規定，辦理管理部轄區內的住房公積金業務，經中心批準後辦理歸集、轉移業務；配合相關業務部門實施催建、催付、催存的執法工作；負責公積金貸款業務的資格初審；配合相關業務部門對轄內受委托銀行辦理的住房公積金業務進行指導和監督，配合審計部門對受委托銀行承辦的住房公積金業務進行檢查；負責本行政區域內住房公積金的咨詢和查詢，答復信訪投訴；根據中心的規章制度，配合中心相關業務部門提出業務操作系統的優化要求，做好管理部的行政文書、固定資產管理和宣傳工作。