“清算資金往來”科目是核算企業（銀行）間業務往來的資金清算款項。本科目應當按照資金往來單位，分別"同城票據清算"、"信用卡清算"等進行明細核算。
“轄區往來”分為“分行轄內往來”和“支行轄內往來”，分行轄內往來適用於同壹省、市、自治區範圍內各行處之間的資金賬務往來。支行轄內往來適用於縣、市支行範圍內各行處之間的資金賬務往來。
“聯行往來”是指同壹銀行系統內各行處之間，由於辦理結算、資金調撥等業務，相互代理款項收付而發生的資金賬務往來。
“存放中央銀行款項”科目核算企業（銀行）存放於中國人民銀行的各種款項，包括業務資金的調撥、辦理同城票據交換和異地跨系統資金匯劃、提取或繳存現金等。企業（銀行）按規定繳存的法定準備金和超額準備金存款，也通過本科目核算。
“存放同業”科目核算企業（銀行）存放於除存放於中央銀行的款項外的境內、境外銀行和非銀行機構的款項。
“系統內上存款項”科目，該科目反映各清算行存放在總行以及各經辦行存放在清算行的清算備付金。