1938 165438+10月，辦公室由漢口改為四聯總辦，後遷至重慶，成為全國金融領導機構。
1939年6月改組董事會，蔣介石為董事長，孔祥熙、宋子文、錢信為常務董事，負責起草戰時金融政策和處理有關特殊業務，督促中國、中國、交通、農業銀行總行遷都重慶，布置西南、西北金融網絡，進行外匯集中審查，協調印鈔，調撥軍政經費，進行核產。
1942中央信托局和郵政儲蓄銀行局也由該局監管。
1942年9月，根據最高國防委員會第85次會議通過的修正案，第四師進行第二次整編。在機構設置上，原戰時財政委員會和戰時經濟委員會合並為戰時財政經濟委員會。原有的兩個委員會全部撤銷，戰時財政經濟委員會下設儲蓄、借貸、農貸、外匯、特勤五個小組委員會，分別審議各項相關業務。秘書處增加了五個部門:發行、儲蓄、借貸、農業貸款和匯款。9月，1943，增加會計部門，下設統計部門。在任務和職能方面，修改後的章程不再提及與政府戰時財政政策有關的各種特殊業務的責任，但其具體任務由以前的13減少到10，主要是監督和指導國政的業務。至於其他財務事項，它協助財政部進行管理。第二次改組後，四聯總辦的工作主要局限在財務領域。它仍然在監督國家行政、管理商業銀行和金融市場方面發揮重要作用。
1943也有聯合征信辦公室。
1945 8月在上海成立分公司。
1945 65438+2月1，四聯總辦第三次改組。改組後，辦公廳大幅精簡:原戰時財政經濟委員會更名為財政經濟委員會，除“特別”和“借貸”兩個小組委員會外，原有各小組委員會合並改組為壹般業務小組委員會；秘書處原有的發行、儲蓄、農貸等七個分部合並重組為總務、業務兩個分部；取消了會計室，會計室下的統計部劃歸秘書處。改組後不久就搬到了南京。
1948成為負責國家貸款設計、聯系、評估、審計的機構，同年6月撤銷。