上海自貿區有著投資貿易自由、規則開放透明、監管公平高效、營商環境便利等各項優勢，在自貿區內開設公司，企業可以在更法制化、國際化、便利化的營商環境和公平、統壹、高效的市場環境下享受投資、貿易、金融、政府管理等各方面的便利措施。
對於企業和機構開展業務，有的是上海自貿區內能做、區外不能做；有的是自貿區內先做、自貿區外後做，有的是自貿區全部能做、自貿區外部分能做。具體來看，區內的優勢主要體現在以下五個方面：
壹是負面清單管理。負面清單以外按照內外資壹致管理，也就是外資企業設立和變更試行備案制管理,目前負面清單管理模式已在全國範圍全面推廣復制,但自貿試驗區的負面清單比區外的負面清單更加開放。
二是服務業、制造業開放。自貿試驗區掛牌以來，先後在服務業領域以及部分制造業領域推出了2批***54項開放措施，這些開放舉措目前有部分已在區外推廣復制，但大部分仍只在區內試點。
三是對外投資實現備案管理。以前對外投資需要發改委、商務委、外匯等部門核準，壹般要3-6個月，現在3億美金以下的項目只需在自貿區備案辦理，3個工作日就能辦結，大大加快了資本出海的速度。
四是新的貿易便利模式。自貿區的海關特殊監管區部分，在全國率先探索實踐“壹線放開、二線安全高效管住、區內自由”的模式，在貿易便利化如通航通關、檢驗檢疫、選擇性征稅等方面形成了壹系列的制度安排，促進了壹系列新型業務快速發展，包括國際貿易單壹窗口、貨物狀態分類監管等。
五是金融創新業務。金融開放創新是自貿區改革的重頭戲。目前，以自由貿易賬戶為基礎的分賬核算業務、境外本外幣融資等都還只是在自貿區內試點。深受企業歡迎的跨境人民幣雙向資金池、跨國公司總部外匯資金集中運營管理等業務，雖然已經在全國推廣復制，但區內也比區外更加便利。
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壹、註冊上海自貿區公司材料：
1、 股東、法人原件及復印件及實際經營地址、聯系方式；
2、擬設立企業的名稱（最好5個以上或更多）、經營範圍；
3、註冊資本及投資人出資比例；
4、註冊地之租賃協議和房產證復印件；
5、財務人員身份證復印件；
6、其它規定的註冊材料。
二、註冊上海自貿區公司流程：
1、確定單位地址
2、企業查名
3、準備材料
4、正式遞交
5、刻章
6、開銀行賬戶、辦理余下證件
三、註冊上海自貿區公司時間：
註冊上海自貿區公司時間壹般情況下為15個工作日左右，特殊的情況時間可能延長。