商業銀行的內部稽核部門應當實行垂直管理並由行長直接領導。
商業銀行內部稽核包括以下內容：存款業務的稽核，涉及企業存款，儲蓄存款和外匯存款的稽核。主要是對存款業務政策原則執行情況的稽核以及帳戶管理和業務核算的稽核。
貸款業務稽核分為：工商貸款的稽核、農業貸款的稽核、基本建設貸款稽核和外匯貸款稽核，著重於對貸款投向和貸款經濟效益方面的稽核。結算業務稽核，包括結算執行原則情況的稽核、結算方式的稽核、聯行往來的稽核和國際結算稽核。
《商業銀行法》第60條規定：“商業銀行應當建立、健全本行對存款、貸款、結算、呆帳等各項情況的稽核、檢查制度。”
商業銀行內部稽核，是指商業銀行內部稽核部門根據國家法律法規、金融方針與政策、內部控制規章與制度。
依據現代控制理論，結合商業銀行業務經營活動的特點，對商業銀行自身的業務活動、財務活動和經濟效益進行稽核、核對、檢查、監督，以判斷其經營活動和財務活動的合法性、準確性、完整性和效益性。