根據規定，各省、自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團、副省級城市商務主管部門以及自由貿易試驗區、國家級經濟技術開發區相關機構是外商投資企業設立和變更的備案機構，負責本地區外商投資企業設立和變更的備案管理。備案機構通過外商投資綜合管理信息系統(以下簡稱綜合管理系統)開展備案工作。
設立外商投資企業屬於本辦法規定的備案範圍的，全體投資者指定的代表(或外商投資股份有限公司董事會)或全體投資者委托的代理人，在工商和市場監督管理部門登記時，應網上提交外商投資企業設立備案信息。
非外商投資企業因並購、吸收合並等原因轉變為外商投資企業的。屬於本辦法規定的備案範圍的，應當在工商和市場監督管理部門辦理變更登記的同時，網上提交外商投資企業設立備案信息。備案機構獲取工商、市場監督管理部門推送的備案信息時，應當辦理備案手續，同時告知投資者。
1.備案機構發現外商投資企業或其投資者提供的信息不完整、形式不準確，或需要進壹步說明經營範圍的，應告知其在15個工作日內網上提交相關信息。提交補充資料的時間不計入備案機構的備案時限。外商投資企業或其投資者未在15個工作日內完成相關信息的，備案機構將在網上告知外商投資企業或其投資者未完成備案。外商投資企業或其投資者應在5個工作日內向備案機構申請補充備案同壹設立或變更信息。
2.備案機構應通過綜合管理系統發布備案結果，外商投資企業或其投資者可在綜合管理系統中查詢備案結果信息。
3.備案完成後，外商投資企業或其投資者可憑外商投資企業營業執照(副本)向備案機構領取外商投資企業設立回執或外商投資企業變更回執。