它於2003年3月6日經國務院批準成立。同年進行規劃建設，2003年9月通過國務院八部委聯合驗收，正式封關。南京出口加工區封閉面積1.5平方公裏，實行“境內通關”特殊政策，屬於海關特殊監管區域。區內企業享受通關、稅收、外匯管理等優惠政策，所有進出口手續無需出區即可完成。
南京新港國家高新技術產業園區
1997 1經國家科委批準，規劃面積5平方公裏。區內高科技企業聚集，高科技產品眾多，R&D機構齊全。
國家南京海峽兩岸科技產業園
65438+1997年9月經國務院臺灣事務辦公室、國家科委批準成立，規劃面積3.5平方公裏。區內臺資企業主要從事平板顯示器件、液晶電視(顯示器)的電子元器件、背光模組及相關零部件的生產和銷售，石油化工產品的儲運、加工和銷售，生物醫藥產品和日用化工產品的生產和銷售。
國家(南京)顯示器件產業園
2005年5月被信息產業部命名。區域新型平板顯示器件技術水平世界領先，產業規模和骨幹企業數量國內領先。
江蘇省大學科技產業園
2001經江蘇省政府批準成立，重點發展生物醫藥、新材料、機電壹體化、電子信息、計算機軟件等新興產業。南京大學、南京理工大學、南京師範大學、南京郵電大學、南京中醫藥大學、中國電子科技集團第五十五研究所、江蘇化工學院等10多所高校和科研院所在本區建立了產業基地，實現科研成果轉化。
中國南京液晶谷
成立於2009年8月，總規劃面積22平方公裏，重點發展高世代TFT-LCD面板及模組、有機電致發光顯示器件(有機發光二極管)、激光顯示器件及整機、薄膜太陽能電池及組件。按照“依托龍頭企業、系列化發展、集群化發展、高端培育”的原則，建設國內領先、世界壹流的光電顯示產業基地。
紫金(新港)科技創業特別社區
2011成立於9月，規劃用地面積3.8平方公裏，規劃建築面積300萬平方米。園區具有“特殊的制度創新、特殊的政策支持、特定的區域載體、獨特的功能體系”，以光電技術、生物醫藥、信息技術、現代服務業等戰略性新興產業為重點，加快培育和引進壹批高層次人才創業、產學研合作平臺、R&D中心和企業總部項目，打造集孵化器、加速器、中試基地、總部基地、人才公寓、企業及配套設施為壹體的科技創業創新載體。
南京龍潭物流基地
2002年經南京市政府批準，規劃總面積10.5平方公裏。為抓住跨境貿易電子商務的發展機遇，南京開發區於2014年6月依托龍潭物流基地成立了南京跨境貿易電子商務監管中心，在跨境電子商務中推出“壹般出口”和“壹般進口”模式。目前，監管中心有多家電商和物流企業在運營，已成為南京及周邊地區跨境貿易電子商務進出口商品的重要集散地。
南京光電技術研究所
開發區聯合東南大學、中國電子科技集團第五十五研究所、中科院上海光機所等單位建立的戰略性新興產業創新中心。采取“產業技術研究院+專業公司”的模式，圍繞新型顯示、半導體照明、太陽能光伏、光電設備、光電材料等產業鏈核心領域和關鍵環節，加快技術研發孵化、公共技術服務和人才引進培養三大平臺建設。