跨境電商與普通電商的區別有：交易主體、業務環節、支付結算、物流、交易風險的區別。
1、交易主體的區別
國內電商的交易主體壹般在國內，而跨境電商的交易主體是國內對境外，跨境交易主體遍及全球。有不同的消費習慣，文化心理，生活習俗，這要求跨境電商對各國流量引入，各國推廣營銷。國外消費者行為，國際品牌建設等有更深入的了解，復雜性遠遠超出國內的電商。
2、業務環節的區別
跨境電商的業務環節更加復雜，需要經過海關通關，檢驗檢疫，外匯結算，出口退稅，進口征稅等環節。在貨物運輸上，跨境電商通過快遞方式出境，貨物從售出到國外消費者手中的時間更長，路途遙遠，貨物容易損壞。
3、支付結算的區別
國內電商支付結算體系成熟，多采用網銀支付和支付寶，微信等第三方支付方式，方便快捷，費用低且回款周期短（多在15天以內）。而跨境電商支付體系相對不成熟，尤其是B2B大額貿易的支付。
4、物流的區別
隨著國內電商的發展，中國的物流體系高度發達，今天上網買東西，第二天快遞就派送上門早已司空見慣。但跨境電商的物流時效卻往往在15-30天以上。
5、交易風險的區別
國內企業只是產權意識比較薄弱，大量的無品牌，質量不高的商品和假貨仿品充斥跨境電子商務市場，侵犯知識產權等現象時有發生。在商業環境和法律體系較為完善的國家，很容易引起知識產權糾紛。