由於不同市場ETF在外匯管理制度、交易制度、交易時差等方面存在差異，跨境ETF在申贖機制、套利機制、套利成本等方面與境內ETF又有著不少差異。
跨境ETF存在外匯風險。在申購跨境ETF時，投資者的資金將根據投資需要視情況被兌換成跨境ETF投資地區的貨幣，在贖回時，這筆以跨境ETF投資地區的貨幣表示的資金又將被兌換為本國貨幣。這個過程中的貨幣兌換流程將使投資者面臨壹定的外匯風險，如果本國貨幣在期間升值，投資者可能面臨實際的投資收益縮水或損失。匯率變動是投資者在套利時必須考慮的影響套利成本的因素。
跨境ETF存在時差風險。當本國證券市場交易時間與跨境ETF投資地區的交易時間有較多重疊時，跨境ETF仍可進行實時套利，時差風險小，比如港股ETF。而當兩地交易時間重疊時間少或不重疊時，實時套利將變得不可行，投資者只能進行延時套利。延時套利將使投資者面對更多的收益不確定性，但與此同時，延時套利也促使跨境ETF發揮了價格發現作用。
國內跨境ETF受外匯管制政策影響。我國實行外匯管政策，這就導致我國的跨境ETF需要面對兩個問題。壹是由於我國實行外匯管制政策，現階段的國內跨境ETF將采用100%現金申贖、基金代為買賣成份股的方式代替傳統ETF實物、現金結合的申贖方式。這會使得跨境ETF喪失壹層重要的價值，即不能通過跨境ETF對成份股進行事件套利，比如當某成份股因重大利好/利空出現停牌時，投資者借道ETF買入/賣出該成份股進行套利。但隨著改革開放的進壹步深入，這個問題也將會逐步解決。二是當跨境ETF規模逼近基金管理人的外匯額度上限時，將破壞該跨境ETF在壹級市場上的供求平衡，從而導致折溢價擴大化。
國內跨境ETF受A股市場漲停板制度影響。A股市場實施漲停板制度，將股票單日漲跌幅限制在了10%以內。若在放開漲跌幅限制的跨境ETF投資地區證券市場上，出現跨境ETF跟蹤的標的指數單日漲跌幅超過10%，或在國內的非交易日裏跨境ETF跟蹤的標的指數累計漲跌幅超過10%的情況，跨境ETF的二級市場價格將出現異常的折溢價與套利風險、機會。