盡管如此，加納仍是壹個落後的農業國，農業人口占全國人口的80%以上，經濟仍依賴傳統經濟作物可可的出口收入(約占出口收入的60%)。65438年至0960年，恩克魯瑪開始進行激進的社會經濟改革，被稱為“非洲社會主義”。企圖在短時間內改變加納的落後面貌，快速提高人民生活水平。他致力於加納的工業化，以擺脫其在國際貿易體系中的弱勢地位。他決心讓加納在經濟上獨立，試圖取消進口，通過在國內生產加納所需的壹切來減少對外國資本、技術和物質產品的依賴。他將工業企業、種植園和商店國有化，但結果是災難性的。意味著生產是政府進行的——政府是否有能力，本地生產的商品是否比進口的貴。然而，他的努力沒有成功。由於缺乏資金和支持，加納農業迅速衰落。同時，他未能在加納建立壹個真正的工業體系。國有化、合作和大規模的經濟發展計劃破壞了原有的經濟秩序；很多迎合恩克魯瑪旺盛的榮譽建設項目，耗盡了國庫，造成了巨大的財政赤字。1966外債達到10多億美元，經濟形勢惡化。
由於物價飛漲，失業人數劇增，大多數勞動人民和公職人員生活水平下降，執政黨和政府內部腐敗和爭權奪利猖獗，廣大人民群眾強烈不滿，出現了政治動蕩和社會動蕩。同時，恩克魯瑪推行的激進改革也觸動了傳統封建勢力和民族資產階級的利益，成為他們攻擊的目標。恩克魯瑪沒有懸崖勒馬，而是加緊壓制批評，嚴厲鎮壓反對派。因此，出現了許多暗殺總統的企圖，在武裝部隊和安全部隊內部也出現了對總統不滿的言行。為了加強安全，恩克魯瑪雇傭了壹批外國保鏢，包括古巴人、南非人和阿拉伯人，將總統衛隊擴充到1000多人，並從蘇聯和民主德國聘請軍事顧問對他們進行訓練，使之成為壹支精銳部隊。在總統府內建造了望塔、黑暗城堡和地下室，成為堅固的堡壘。當時非洲大陸新獨立的國家發生了壹波軍事政變，這讓恩克魯瑪預感到了即將到來的危機。他采取了壹系列防止政變的措施，如更換非嫡系武裝力量和安全部隊的高級軍官，擴大忠於他的民兵組織，通過其“禦林鐵衛”——國安局和總統衛隊加強社會治安，弱化警察的作用。這在武裝部隊和安全部隊中造成了壹種不安的氣氛。
加納武裝部隊的壹些軍官對恩克魯瑪災難性的政治表現並不滿意，但特別反對他建立第二武裝民兵，認為他試圖削弱武裝部隊。早在1965年，就出現了壹個反對恩克魯瑪的秘密組織——“革命委員會”，其主要領導人是第二旅的準將·科托卡上校和第壹旅的準將·奧克蘭上校。鑒於恩克魯瑪在國內外的威望，以及他對壹些武裝力量的直接控制，他們正在等待時機。
1966 2月21日，應胡誌明主席邀請，恩克魯瑪離開阿克拉飛赴河內對越南進行正式友好訪問，同時經停北京。這是黑非洲國家元首首次訪問正在進行抗美救國戰爭的國家，隨行的有88人。這次盛大的訪問引起了加納的關註。與此同時，恩克魯瑪的親信、主管加納武裝部隊的總參謀長阿夫裏將軍也前往埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴參加會議。兩位掌管軍政大權的政要同時到訪，加納出現權力真空。“革命委員會”認為這是千載難逢的機會，決定發動政變。他們以軍事演習為名，調動部隊到首都阿克拉郊區，包括壹個傘兵部隊、壹個機械化部隊和壹個步兵營。雖然調兵是公開的，但其政變計劃並沒有被恩克魯瑪的情報系統發現。加納武裝力量，兵力不超過654.38+0萬，主要由陸軍組成，下轄兩個步兵旅。還有壹支主要由警察組成的安全部隊，約9000人。第壹步兵旅和第二步兵旅參與政變，足以控制整個武裝力量。
1966年2月23日夜，政變軍隊與忠於恩克魯瑪的武裝在首都激戰。各地區民兵組織表示反對政變，正在國外訪問的恩克魯瑪宣布回國鎮壓“反動叛亂”。雖然總統衛隊的主要領導人都曾隨恩克魯瑪出國訪問，但衛隊時刻保持警惕，發現叛軍進攻，就立即反擊。他們憑借堅固的工事，擊退了叛軍壹次又壹次的進攻，給叛軍造成了巨大的損失。他們等待外部援助和恩克魯瑪總統的歸來。這壹度讓政變領導人無可奈何，轉而投靠民兵。雖然民兵反對政變，但由於缺乏統壹指揮，各地區的抵抗分別被政變勢力擊敗。與此同時，政變部隊封鎖機場，設置障礙，防止恩克魯瑪的飛機突然降落。民兵解體後，政變領導人調集軍隊和火炮對總統府發起新的攻擊，猛烈的炮火摧毀了總統府的防禦工事。直到2月28日政變勢力完全占領總統府，政變才宣告最後勝利。到3月2日，恩克魯瑪基本失去了回加納恢復權力的希望，流亡國外。
根據後來的前蘇聯國家安全委員會(克格勃)和美國中央情報局(中情局)解密文件提供的證據，美國總統林登·貝恩斯·約翰遜及其政府參與了推翻恩克魯瑪總統的政變，主要是因為美國政府意識到了恩克魯瑪政權的社會主義傾向和他的反西方激進主義。