進口付匯核銷是壹種事後管理措施，以付匯金額為依據，核查是否有相應的貨物進口到我國或者其他憑證沖抵付匯。
(壹)整理銀行提交的進口付匯核銷單，錄入相關數據。壹般要求隔日完成錄入，並按交款日期將核銷單歸檔。及時聯系銀行更正有問題的核銷單。國際收支統計申報軟件2.0版本穩定運行後，將直接從軟件系統提取進口付匯核銷單數據，取消手工錄入。
(二)審核進口單位的進口到貨報告和未到貨報告，並在三個工作日內將報告表輸入計算機。復習三個內容:
1.進口商在申請表上填寫的內容是否與所附文件內容壹致；
2.檢查付款單據是否與報關單內容壹致；
3.人工操作時，檢查進口商提供的報關單表面是否與海關要求壹致，即是否有防偽標簽、海關編號和清晰的海關驗訖印章；使用報關單驗證系統後，使用計算機驗證報關單的真實性。
經審核無誤後，在申請表和報關單上加蓋報批章，報關單和申請表(第壹聯)歸檔保存，申請表(第二聯)內容錄入計算機；如果第壹項有任何問題，請要求進口商在提交申請批準前更正申請表的內容；如第二、三項存在問題，且該報關單按規定屬於二次核對範圍，則留存相關報關單進行二次核對。鑒定結果屬實的，報關單退回進口單位留存，如有問題，移交外匯檢驗部門按有關規定處理。
(三)進口付匯備案表的審核和簽發
進口付匯備案表是對遠期信用證、付匯、轉口貿易、預付款等壹些核銷方式特殊、銀行資金風險大、套匯逃匯頻率高的進口付匯進行預先登記和初審的方式。備案表顯示，外匯局已重點跟蹤登記上述付匯情況，並要求進口商按期憑相關單證向外匯局申請核銷。