新中國成立後，廣州海關的基本任務是:監督管理進出國境的貨物、運輸工具、旅客行李及郵遞物品，征收關稅和其他法定由海關征收的稅費，查禁走私以及編制統計。解除了與海關無直接關系的對港口設施、泊位和燈塔等助航設備的管理，把監管合法進出境和查緝走私的工作與征稅工作並列，顯示了海關把守國家大門的作用。建國頭5年，廣州海關貫徹執行國家對外貿易管制政策，同時依照為保護和促進國民經濟的恢復和發展而制定的人民稅則征收關稅。加強對私商進出口貨物的監管，便利合法進出，打擊不法分子的經濟破壞和違法行為。對國營外貿公司的貨物，則在堅持必要制度的前提下，盡量簡化手續，促其快速運轉。特別在1951年"反禁運"鬥爭中，廣州海關積極采取各種靈活措施，對經黃埔、大鏟等地搶運進口的大批物資，加速驗放，發揮了人民海關的緊密配合作用。
1955~1956年，廣州口岸對外貿易已由多種經濟成分逐步轉為單壹的全民所有制經濟，廣州市內的外貿部屬下專業進出口公司已能控制全部進出口貨物。廣州海關適應形勢的發展，進壹步簡化監管手續，便利貨運，把監管重點從進出口貨物轉移到非貿易性物品。此時，上級指示將監督進出口貨物的正確裝卸、保管、運輸、檢查揭發壹切足以造成國家損失的事故增列為海關的壹項基本任務。自此至1979年的20多年裏，廣州海關在貨運監管中，避免出現進出口貨物錯發錯運、包裝殘損、嘜碼混亂等不正常現象做了大量工作，減少了國家外匯損失。
50年代中期，廣州口岸進出境郵遞物品逐年增多，東南亞國家郵寄進口小包尤甚，為全國海關監管數量之冠。廣州海關從各方面提高驗包效率，按照"自用合理數量"的原則，合法合理地掌握不同對象的征免驗放尺度。
60年代初三年經濟困難時期，從國外和港澳地區郵寄進口糧油、副食品大量增加，僅1961年自廣州進口郵包即超過900萬件。廣州海關集中人力，優化組合，針對當時進口郵包小的特點，改進檢查技術，簡化驗征程序，加快了驗放。
"文化大革命"10年，廣州海關各項工作遭到建國以來最嚴重的幹擾和挫折。1967年下半年停征對國營外貿專業公司進出口貨物的關稅，中斷海關統計的編制工作;1968年年底大批幹部下放勞動，1969~1970年，廣州海關僅有200余人維持工作，並曾壹度停止對進出口貨物的實際監管;1971年執行全國海關關長會議決定，將工作方針從"經濟政治保衛"改為"政治經濟保衛"，導致工作中對非貿易性的物品監管過嚴偏緊。
1979年改革開放後，黃埔分關改為直屬海關總署的獨立海關，廣州口岸遂有廣州海關和黃埔海關。由於廣州外向型經濟飛躍發展，多頭經營對外貿易業務量迅速增長。按照"依法監管征稅，方便合法進出，制止走私違法，保護促進四化"的工作方針，逐步恢復正常的監管職能，解除了檢查揭發貨運事故的職責，恢復歷史上以統壹規格的進出口報關單為海關監管依據，加強貨物的合法進出。1986年後，廣州口岸海關貫徹以"促進為主"的方針，不斷深化報關、查驗制度改革，積極支持和促使"代理報關"向專業化方向發展，發揮企業自管和社會***管的力量，並逐步形成配套的前期管理、現場和後續管理的海關管理體系。廣州口岸海關各類運輸工具門類較齊，所監管的進出口貨物涉及的貿易方式較多，其數量逐年增長，居全國海關前列。同時，在檢查旅客行李物品工作中，廣州口岸海關改革監管模式，簡化通關手續，從手工操作為主發展到以技術檢查為主，從設置"免稅通道"發展到國際慣常做法的"紅關稅、綠通道制度"，進壹步加快旅客進出境的速度。
廣州口岸海關自全面恢復征稅職能後，除執行國家按國民經濟發展需要不斷修改的稅則，並加強驗貨、審價和計征各環節工作外，還依照政策，審批新貿易方式進出口貨物的減免稅工作，其所征稅款及審批的減免稅數額，均屬全國海關前列。並組織審計、財務、征稅等相關部門，堅持稅收定期檢查制度，防止漏征、錯征。
改革開放後，廣州口岸出現建國以來較嚴重的走私活動，廣州、黃埔兩關加強查私力量，取得各有關部門支持，打擊了各種渠道的走私活動，為維護廣東省經濟建設發揮了積極作用。
與此同時，廣州口岸海關恢復編制統計。為使海關統計更好地為國民經濟服務，廣州海關積極引入先進科技設備。1983年率先以數據磁帶報送方式代替統計原始資料郵寄，1990年又以計算機網絡方式代替磁帶報送，大大提高了海關統計的時效和準確性。同時積極開展統計分析，編寫統計刊物，為國家經濟部門和地方政府提供信息，發揮了海關統計的監督職能作用。
廣州口岸海關三百余年的興替史，是廣州口岸經濟社會發展、變化的縮影，也是近現代帝國主義侵華歷史的見證。隨著海關主權回到中國人民手中，廣州口岸的海關歷史翻開了新的壹頁，特別在國家改革開放時期，發揮了以促進為主的"把關""服務"的作用。隨著21世紀的到來，海關將為促進國家的對外經濟貿易和科技文化交流，保障社會主義現代化建設作出新的貢獻。