中國人民銀行南京分行成立於1998 18年2月18，轄分行營業管理部、合肥中心支行、28個市中心支行(江蘇12、安徽16)、115個縣(市)。人民銀行機關幹部職工8726人，其中分支機構401人，支行營業管理部243人，合肥中心支行419人，市中心支行3803人，縣(市)支行3838人，黃山培訓中心22人。
分支機構現設有辦公室、法律事務辦公室、貨幣信貸管理辦公室、金融穩定辦公室、調查統計辦公室、會計財務辦公室、支付結算辦公室、科技辦公室、貨幣黃金辦公室、金庫辦公室、內部審計辦公室、人事辦公室、金融研究室、征信管理辦公室、外匯綜合辦公室、國際收支辦公室、經常項目管理辦公室、資本項目管理辦公室、外匯檢查辦公室、郵政監管中心、安全辦公室和離退休幹部辦公室。黨群組織共8個，包括黨委辦公室(與行政辦公室合署辦公)、組織部(與人事處合署辦公)、宣傳部、紀檢監察壹部、紀檢監察二部、機關黨委辦公室、工會辦公室、團委(與宣傳部合署辦公)，以及清算中心、後勤服務中心、南京金融培訓中心3個直屬單位。
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