鳴人歸鄉
營救我愛羅
佐助離開後3年，鳴人和自來也從外修行回到木葉，見到了木葉丸、鹿丸、手鞠等人。也見到了卡卡西，和跟綱手修行的小櫻。目前當初和鳴人壹起參加中忍考試的夥伴，都已經當上了中忍。寧次已經是上忍了。砂忍的勘九郎和手鞠也當上了上忍，我愛羅成為了5代風影。為了展示壹下修行的結果，鳴人和櫻再次來到當初卡卡西班第壹課的練習場，同樣還是搶卡卡西身上的2個鈴鐺。使得2人又想起佐助的離開傷心不已。再這次搶鈴鐺的活動中，鳴人和櫻都表現出了進步，但是卡卡西實力究竟不可小覷，鳴人最後用新版《親熱戰術》的劇情，騙卡卡西疏忽了壹下，搶到了鈴鐺。
就在鳴人回到木葉與眾人見面之際，風之國砂忍遭到了曉2名成員的入侵。這二人是赤砂之蠍（玉）①和迪達拉（青）。他們的目的是劫走壹尾守鶴的人柱力我愛羅。蠍通過當初便已經控制的砂忍高層由良，輕松解決了砂忍的守衛，入侵砂忍村。迪達拉進村去抓我愛羅，雙方在空中大戰壹場，最後迪達拉攻擊砂忍村，我愛羅為救村子漏出破綻，被迪達拉炸暈俘虜。而迪達拉損失了壹條手臂。勘九郎帶人去救我愛羅，碰到阻擊的蠍，雙方惡戰，蠍對勘九郎的傀儡了如指掌。勘九郎中毒倒下，但是也趁機收集到了蠍身上的布條。
木葉收到了砂忍的求援急報，綱手派卡卡西班前去救援，路上碰到了之前已經離開木葉返回砂忍的手鞠，手鞠為卡卡西班做向導立即回砂忍支援。這時綱手有不祥的預感，又加派剛剛執行任務歸來的凱班去支援。卡卡西班趕到了砂忍，勘九郎中毒不治，性命垂危，連砂忍顧問級人物，千代婆婆及其弟弟海老藏都束手無策。原來蠍對自己的毒藥非常自信，所以沒急著取勘九郎的性命，讓其疼上3天再死。出乎意料，千代見到卡卡西馬上動手攻擊。原來千代將卡卡西誤認成了其父有木葉白牙之稱的旗木蒴茂。木葉白牙曾經在忍者大戰時殺死了千代的兒子和兒媳，就是赤砂之蠍的父母。為救勘九郎，櫻挺身而出，她跟綱手習的醫毒絕招，用非凡液體將大部分毒從勘九郎體內直接吸出，保住了勘九郎的性命。然後又研究毒性，配制出3份解毒劑，這讓千代等人刮目相看。勘九郎清醒後，將收集到的蠍的布條給了卡卡西。卡卡西派出忍犬尋找曉的藏身地。忍犬帕克成功找到。砂忍為防止風影被劫帶來的混亂被別國利用，趁火打劫，暫時不派人去救我愛羅，只有千代做顧問，同卡卡西班去救援。這時收到凱班前來支援的消息，卡卡西派帕克去通知凱班，直接去救援我愛羅，眾人出發。
迪達拉和蠍帶我愛羅回到曉的據點，隨即開始了幻龍九封盡來拔除壹尾。這時絕（玄）探測到有敵人向這裏接近。曉的隊長（零）施術，讓鬼鮫和鼬用假身拖延敵人。假身是活人變化為控制者，有控制者30%的實力。卡卡西班和凱班碰到假身，壹場惡戰。最後鳴人用大玉螺旋丸，凱用朝孔雀分別戰勝了對手。但是拖延時間的策略已經達成。當卡卡西班和凱班在曉據點外匯合時，壹尾已經被拔除。曉留下迪達拉和蠍來對付追兵，並且最好能抓到九尾的人柱力鳴人。
卡卡西班和凱班在曉的據點外，碰到了五行封印。需要從5個地方同時拔掉封印的符咒。凱班分開去找另外的4個封印符咒。但是在揭掉符咒的同時，觸發陷阱，出現凱班的4個人的復制體。凱班被復制體拖住無法援手。卡卡西班在據點洞穴內見到了蠍和迪達拉，同時也見到了已經昏迷的我愛羅。迪達拉成功的激怒了鳴人，然後帶我愛羅逃了出去。卡卡西跟鳴人去追迪達拉，櫻和千代留下對抗蠍。
在和蠍的惡戰中，蠍透漏出在大蛇丸身邊安插了臥底。櫻追問大蛇丸消息，蠍說除非打贏他。戰鬥中，蠍露出本體，千代驚異的發現，蠍20年來竟然完全沒長大，原來蠍已經將自己完全制成傀儡，只有壹小塊肉身。並且使出了被稱做歷代風影中最強的3代風影人傀儡。
第二部分
天地橋之戰
與佐助的重逢<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-comfficeffice" /><o:p></o:p>
眾人回到了砂忍村，安葬了千代，啟程返回木葉。這次回到木葉，鳴人又見到了牙、誌乃、雛田、井也和丁次。另壹方面，曉的新人阿飛，撿到了蠍的戒指，成為曉中代號為玉的成員。卡卡西由於新寫輪眼使用過度，住院修養。綱手任命木葉暗部分隊長大和代替卡卡西，領導卡卡西班。木葉暗部代號為“根”的神秘組織頭目團藏，安排佐井代替佐助，進入卡卡西班執行任務。由於佐井長期以來都沒有情感的活著，與鳴人和櫻的初次見面，惹的鳴人和櫻很不興奮。卡卡西班新組合要執行的任務，是去天地橋，假冒蠍和大蛇丸身邊被曉安插的間諜見面，並且抓到這個間諜，從而得到大蛇丸和佐助的消息。由於不和，佐井和鳴人、小櫻經常發生矛盾。而大和竟然用了只有初代火影才會使用的木遁忍術來制止大家，讓眾人非常迷惑。經過了戰術預備練習，雖然佐井和鳴人並不配合，但是無奈之下，還是壹起前往天地橋執行任務。<o:p></o:p>到了天地橋，曉在大蛇丸身邊的間諜竟然是藥師兜。大和偽裝成蠍，但是竟然被揭穿。原來蠍控制兜的術，早已被大蛇丸解開。他們的目的是要幹掉蠍。既然大家都挑明了，惡戰也再所難免。盛怒之下，鳴人不斷放出九尾的力量。大蛇丸說出，原來大和是他當初的實驗品，把初代的基因轉給了60個孩子，只有壹個成活了，就是大和，所以大和可以使用初代的木遁忍術。並且可以使用初代成名的能力，控制尾獸查克拉。這也就是安排大和帶鳴人的原因。只不過還要借助初代查克拉凝聚而成的項鏈，來施展，也就是綱手送給鳴人的那條項鏈。由於大蛇丸的不斷挑撥，鳴人放出的九尾之力越來越強烈。鳴人整個人被九尾的查克拉像衣服壹樣包住，瞬間就釋放出3根查克拉尾巴。根據自來也講述，他平生的兩次遇險，壹次因為偷看綱手洗澡被綱手打成重傷，另壹次就是和鳴人修行時，被放出4根尾巴的鳴人打傷。3根尾巴的鳴人，已經意識模糊，單憑放出的查克拉，就輕易打傷了兜，櫻也被震暈。可是佐井並沒有輔助，而是脫離戰場，不知去向。而鳴人已經放出了第四根尾巴，完全失去意識，渾身變的血肉模糊，呈現四根尾巴的九尾形態，單挑大蛇丸。大蛇丸無法傷到九尾衣下的鳴人，漸漸由攻轉守，最後身體到了極限，逃走了。櫻想要阻止鳴人，卻被無意識的鳴人打傷。最終大和用初代的能力，抑制了九尾，在九尾查克拉的恢復和櫻的治療下，鳴人回復原狀。<o:p></o:p>大蛇丸在逃走的時候，碰到了佐井。佐井竟然受團藏之命，與大蛇丸聯合。並且用木葉暗部成員具體資料為代價。大蛇丸接受了佐井，和藥師兜壹起返回據點。大和隊長用木分身跟蹤到了大蛇丸。在地上，櫻撿到了佐井的私人畫冊。大和告訴鳴人和櫻，佐井可能背叛木葉。團藏是當年和3代競爭火影之位的人，和3代性格相反，是壹個極端的武鬥路線支持者。他可能要聯合大蛇丸壹起毀掉木葉，然後由他建立新的，他理想中的木葉村。而佐井可能就是團藏這個計劃中，與大蛇丸的聯系人。眾人跟蹤大蛇丸，卻意外的發現了佐井的屍體。經過仔細辨別，原來是冒充的。大和的木分身被發現了。兜有收集各年齡段人的屍體的習慣，那個佐井的屍體是兜假冒的。眾人開始研究佐井的畫冊，畫冊描繪的是壹個少年不斷同敵人作戰，每次都成功的奪取敵人的武器和衣服，這個少年看上去像佐井。封底和封面另外還有壹個少年，懷疑是佐井死去的哥哥。眾人繼續上路跟蹤大蛇丸到了據點。原來大和早就提防佐井，在其身上留下了他特有的追蹤器，又分別給了鳴人和小櫻這種追蹤器。然後開始行動。<o:p></o:p>話說佐井來到大蛇丸據點，見到了佐助。佐井想和佐助溝通，卻被佐助威嚇，最後被藥師兜安排在房間裏休息。可是卻被大和等人發現，面對眾人的質問，佐井並不辯解。佐井承認自己壹直被泯滅友誼，他們這樣的人是戰爭後的孤兒，被挑選出來像機器壹樣活著，他們就是為了執行命令而活。但是在櫻和鳴人的談話中，佐井的熟悉開始改變了。大和抓住佐井，並留下木分身看管，然後眾人繼續潛入。正當這時，藥師兜出現，解開了佐井，可是正當兜和眾人作戰的時候，佐井卻意外的抓住了兜，原來佐井被友誼打動，決定和鳴人他們壹起行動。這次兜被抓住，由木分身留下來看管。大和與櫻壹組，佐井和鳴人壹組，分散潛入。鳴人終於和佐井化敵為友，在鳴人的感召下，佐井完成了想要送給哥哥的畫冊。這時，大蛇丸出現在鳴人與佐井面前，鳴人讓佐井去找佐助，而他牽制大蛇丸。大和感到了鳴人的戰鬥，同櫻壹起，與其會合。大蛇丸見此，無意戀戰，也離開了。而鳴人眾人發現了佐井的任務書，原來佐井的真正任務是消除木葉的威脅——佐助。<o:p></o:p>佐井用他的超獸偽畫，成功找到佐助。不過他並沒有執行原計劃，殺佐助。而是決定把佐助帶回木葉。戰鬥引發爆炸，鳴人和櫻也趕到，終於見到了朝思暮想的佐助（疾風傳動畫的開頭壹幕）。佐助並不打算回木葉，簡單交手，佐助顯示了其強大的實力。壹招千鳥流（千鳥海洋）②將眾人擊到。這時9尾再次鼓動鳴人，但是受了大和的說教之後，鳴人並不再想用九尾的力量了。這時佐助竟然出現在鳴人的意識裏，九尾見到佐助的寫輪眼，不禁聯想到了宇智波.斑。佐助輕易的封鎖了九尾，鳴人沒有再次九尾化。佐助表示，為殺掉鼬，哪怕自己的生命獻給大蛇丸也再所不惜。大和隊長終於要動真格的了，而佐助也要發動更強力的術，卻被大蛇丸和兜攔住。兜建議不要殺掉木葉這些人，讓木葉再多消滅些他們***同的敵人——曉，這樣對佐助殺鼬也有幫助。大蛇丸眾人撤退了，木葉眾人也無奈離開。回到木葉，交代了這次任務的情況，佐井也終於被鳴人和櫻接受，成為了卡卡西班的壹員，開始了有趣的生活。
第三部分
鳴人的非凡修行
阿斯瑪犧牲<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-comfficeffice" /><o:p></o:p>
鳴人、櫻和佐井去醫院探望卡卡西。卡卡西說其在醫院修養期間，終於想到了可以讓鳴人飛速成長的辦法。這時，阿斯瑪班也來探望，並且受綱手的命令，以後配合卡卡西班執行任務。與此同時，在雲忍村，曉的另外兩個人，角都（北）和飛段（三）追蹤二尾的人柱力，雲忍排名第二的由木人。雙方都想消滅對方，二尾人柱力直接使出尾獸形態，但是最後還是被制服。角都和飛段繼續執行任務，去火之國，襲擊火之寺的僧人地陸，地陸是火之國大名的守護十二士中的精英，懸賞3000萬，曉想將起殺死，來賺取其懸賞。<o:p></o:p>鳴人和卡卡西開始了非凡修煉。原來卡卡西發現，影分身在消失的時候，得到的經驗會轉加到本體上。鳴人可以通過九尾的力量，實現壹千個分身同時修煉，那麽在分身消失時，就等同於壹個人修煉速度的壹千倍。壹個星期的時間，就能頂壹般人修煉20年。因為要使用九尾的查克拉，所以大和隊長來輔助鳴人修煉。接著，卡卡西又介紹了查克拉的性質。每個人都有自己的查克拉性質，但是大致分成火、水、土、雷和風五種，各種之間相生相克。經過測試，鳴人的查克拉性質屬風。壹般的上忍都會兩種或者兩種以上的查克拉性質變化，兩種性質變化分開使，不算難事，但是假如同時使用，就會衍生出新的性質，例如左手使水遁，右手使土遁，融合後就形成了木遁，這壹般人是不能做到的，能做到的人群就被稱做血繼限界。除此之外，查克拉性質還有更為非凡的陰和陽，不過卡卡西沒有具體介紹。卡卡西繼續介紹修煉的內容，原來四代創造的忍術螺旋丸，並沒有最終完成。強力的忍術，都是包括查克拉形態變化，和性質變化兩種變化，螺旋丸只完成了形態變化，鳴人要繼續開發並完成螺旋丸查克拉的性質變化。鳴人的修行壹項接壹項的進行，雖然速度是壹個人的1000倍，但是疲憊也是1000倍，鳴人繼續這艱苦的修行。<o:p></o:p>在鳴人修行的時候，新的玉阿飛和迪達拉壹起，制服了三尾的人柱力。而火之寺，地陸被角都、飛段殺死帶走。木葉方面，綱手連派12個小隊去追獵角都和飛段。不過最終還是被阿斯瑪、鹿丸、鐵手和出雲組成的小隊在黑市交易所找到飛段。由於地陸和阿斯瑪的關系，就像路丸和丁次那樣親密，阿斯瑪決心壹定抓住曉的這兩個人。初次交手，飛段很輕易的就被利器刺中要害，但是非常希奇，飛段並沒有死。這時角都出現，阿斯瑪被黑市懸賞3500萬，角都想殺掉阿斯瑪換錢，不過飛段要求角都不出手，他要單獨幹掉阿斯瑪小隊。原來飛段信仰邪神，擁有不死身，假如讓他采到對手的血，便可以利用儀式，和對手聯體，任何傷害都***享。戰鬥中，阿斯瑪被采到血，反噬受傷，就在飛段要用自殘的手段，取阿斯瑪性命的時候，鹿丸束縛住了飛段，並讓飛段離開儀式。阿斯瑪成功的砍下了飛段的頭，但是這對不死身無效，頭又被角都縫合。鐵手和出雲想援手，卻被角都制服，鹿丸也耗盡了體力，最後只能眼睜睜看著阿斯瑪被飛段殘忍的殺死。這時，井也、丁次的支援小隊也趕到了，角都和飛段完全不懼，繼續戰鬥，但是最後由於要拔除三尾被曉招回。阿斯瑪交代了遺言，告訴鹿丸，木葉像將棋中的“玉”壹樣重要的要害所在，然後就死去了。<o:p></o:p>曉又成功的封印了三尾，這時飛段問起曉的目的，曉的頭目零說，曉的目的分3個階段：首先要賺大量的錢，建立專門戰鬥的組織。然後用尾獸的力量擴大戰爭，擠垮所有忍者村。最後征服世界。 第四部分
為阿斯瑪報仇
鳴人的新忍術
阿斯瑪的遺體回到木葉，舉行了葬禮。最傷心的是紅，剛和阿斯瑪結婚懷孕，丈夫就死了。鹿丸卻沒有參加葬禮，他接過了老師的煙和忍具，獨自思考老師的話。葬禮之後，鹿丸、丁次和井也踏上了為阿斯瑪的復仇之路。但是剛出門就碰到綱手前來阻止，第十班果斷要去報仇，最後卡卡西出面，說服綱手，代替阿斯瑪做隊長，帶第十班去追殺角都和飛段。另外壹方面，大和帶鳴人加緊修煉新忍術，要在24小時內完成新忍術然後支援第十班。
曉封印三尾之後又封印了二尾，然後解散。飛段和角都仍然打算去木葉，正好被井也專心轉心之術控制的鷹發現。再佯攻之後，鹿丸成功的用影子手裏劍抓住了角都和飛段。但是角都卻成功的，將手分離出去，打破了鹿丸的束縛。丁次趁機攻擊角都，但是角都用土遁硬化了身體，正在角都自得之際，卡卡西從背後用千鳥偷襲角都得手，由於雷遁克土遁，卡卡西這壹擊成功穿了角都的心臟。正當卡卡西要繼續解決飛段的時候，角都又忽然出現在卡卡西面前，將卡卡西打飛。原來角都的特點是擁有5個心臟，每個心臟都是從被他殺死的人中挑選出來的，5個心臟意味著他有5條命，並且可以使用5種查克拉性質的變化，發動5種性質的組合攻擊（不是融合，沒有血限）。同時也讓他有超乎常人的壽命，角都曾經和初代火影戰鬥過。卡卡西只是幹掉了角都土屬性的心臟，還要殺他4次，才能要他的命。研究完了戰術，鹿丸用影子模擬術成功的抓住了飛段。鹿丸帶走飛段，和他單挑，而卡卡西、丁次和井也對陣角都。
鹿丸將飛段帶到了事先預備好的起爆符陣中，在肉搏戰中，飛段采到了血，於是用儀式自殘。當飛段認為解決了鹿丸轉身要走的時候，鹿丸竟然跳起來砍傷了飛段的脖子。原來卡卡西在穿角都心臟的時候，也采到了角都的血。鹿丸趁飛段不備，將角都的血塗在飛段的鐮刀上。這樣以來，飛段刺死的是角都。話說角都這邊，用組合忍術已經把卡卡西制住，正當他打算取卡卡西心臟的時候，忽然自己心臟受損。卡卡西告訴他，看來飛段上當了，刺死了角都的又壹條命。鹿丸再用影子抓住飛段，但是強度已經不夠控制飛段了。正當飛段要攻擊鹿丸的時候，鹿丸發動影束縛之術，用帶有起爆符繩子捆住了飛段，並且在飛段腳下出現壹個深洞陷阱。飛段全無懼色，仍然炫耀不死身，認為鹿丸殺不了他。鹿丸點起阿斯瑪的煙，煙霧中，仿佛阿斯瑪就站在鹿丸身邊。最後鹿丸用阿斯瑪留下的煙，點燃了起爆符，飛段被炸成碎片，仍然咆哮，最後鹿丸將其深埋地下。
再說角都，雖然損失兩個心臟，但是戰鬥力卻更強。角都以極快的速度，瞬間制住了卡卡西、井也和丁次。危機時刻，由風遁螺旋丸和水遁奔破流組合的颶風水渦之術打向角都。水霧散去，卡卡西等人已經擺脫，鳴人、大和、櫻和佐井趕到支援。卡卡西招出帕克帶櫻和佐井支援鹿丸，鳴人決定用新忍術消滅角都。雖然新忍術只完成了5成，但是大和還是建議卡卡西看看效果。鳴人在了解情況和用影分身試探之後，發動新忍術，風遁螺旋手裏劍。井也、丁次意欲幫忙，但是被大和制止，因為這個術威力太強，靠近可能被誤傷。在影分身配合下，螺旋手裏劍打在角都身上，但是卻失敗了。卡卡西和大和救下被角都抓到的鳴人。原來螺旋手裏劍不能發射，還要像螺旋丸那樣接觸攻擊。眾人想要聯合攻擊角都，但是鳴人堅持再讓他單獨試壹次，眾人同意了。角都也意識到這個忍術很厲害，決定放過鳴人的影分身，專門攻擊後面帶螺旋手裏劍的本體，並且樣子更加猙獰了。但是這次後面的是假身，真身藏在前面的分身裏，從後面用螺旋手裏劍打中了角都。新忍術威力果然驚人，雖然在空中打到，但是地上也想被炸彈打中壹樣，炸出壹個大坑。角都再損失兩顆心臟，最後壹顆也受到重創。第七班和第十班完成任務，卡卡西最後也了結了茍延殘喘的角都，並把其屍體帶回木葉。
鹿丸回到阿斯瑪的墓前，碰到了紅。鹿丸決定放棄悲傷，接過阿斯瑪的責任，成為阿斯瑪和紅將要出生的孩子的老師，保護將來成為木葉支柱的孩子們，因為他們才像將棋中的“玉”壹樣，是木葉的要害。