負責文電、會議、機要等機關的日常工作；負責文秘、調研、督查、信息、保密、信訪、檔案、政務公開(網上問政)、對外宣傳等工作；承辦有關議案。
(2)人事科(與黨委辦公室合署辦公)
負責局黨組和局黨委的日常工作；負責局機關及直屬單位的黨群、思想政治工作；負責市屬交通非公有制企業的黨組織工作；負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資；指導交通行業幹部職工的教育和崗位培訓工作；負責離休幹部管理服務和計劃生育工作；協助有關部門做好專業技術人員資格評審和工人技術等級評定工作；辦理人員出國出境的相關審批工作。
(3)政策法規科
組織起草和審查本市交通實施細則、管理辦法、規章草案、政策措施及相關法律法規等地方性法規文件，並監督實施；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；負責法制和執法監督工作；承辦相關的行政復議和行政訴訟；指導和協調交通行業的體制改革和結構調整；指導本系統依法行政和法制教育工作；負責系統治理公路“三亂”。
(4)綜合規劃科
組織編制公路、水路、港口、水路、地方鐵路等綜合交通運輸體系規劃、發展戰略和專項規劃，承擔相關協調工作；參與制定物流發展戰略和規劃，提出相關政策和標準；承擔交通基礎設施建設項目的前期工作和後評價以及相關規劃和收費公路項目立項的審核；提出省地方聯合投資、市相關專項資金和相關收費公路項目還貸資金安排的建議；參與公路、水路相關交通戰備和搶險救災的綜合管理；承辦公路、水路交通行業利用外資和對外交流合作；編制地方鐵路建設規劃和年度計劃；擬定地方鐵路建設的投融資辦法；承擔收費公路管理、收費站設置、車輛通行費標準和收費公路權益轉讓的初審和申報工作，協助初審收費公路項目立項、收費年限和公路收費權質押貸款登記；承擔收費還貸和收費公路管理的監督管理；負責清理整頓收費站。
(5)基礎設施管理科
承擔公路水運建設市場的監督管理；承擔交通基礎設施工程的質量、造價監督和工程定額管理；承擔市級建設項目的設計預審、施工許可審批和省級建設項目的施工許可審批；組織市政交通建設項目的竣工驗收；監督和指導公路養護和農村公路建設與管理；負責地方鐵路工程建設市場的監督管理。
(6)陸路運輸管理科
監管道路運輸市場，指導城市公共交通相關工作；組織實施重點物資和應急客貨的道路運輸；負責道路運輸和道路運輸客貨站(場)的行業管理；負責陸路運輸安全生產，負責營運車輛運力投放及線路、租車、物流管理；負責國內“外資”公路運輸項目的立項、審查和申報；培育和發展道路運輸市場，維護道路運輸行業平等競爭秩序；負責機動車維修的行業管理；負責監督機動車維修行業技術標準的實施；負責機動車駕駛學校和駕駛員培訓的行業管理；負責道路運輸從業資格培訓的行業管理。
(7)水運管理科
參與制定水運和港口發展戰略，起草地方性法規並監督實施；負責水路運輸、港口、水路、水路運輸服務、船舶代理、外輪理貨和引航的行業管理；負責水路運輸管理；負責組織協調關鍵物資和應急物資的運輸；負責船舶運力投放和航線管理；負責水路交通環境保護；負責外商投資水路交通項目的立項、審批；培育和發展水路運輸市場，維護水路運輸行業平等競爭秩序；負責申請外貿船舶船員證書；協助水路運輸反走私工作；負責水路運輸的安全生產。
⑻科學和技術科
負責制定交通行業科技、科技教育和信息化發展規劃、計劃和措施並指導實施；組織重大交通科技項目攻關，促進成果推廣；負責全市交通行業的無線電管理；指導交通行業的環境保護和節能減排工作；負責交通行業信息化和電子政務的規劃、建設和管理。
(9)財務審計科
負責本局的財務工作；組織編制部門預算和決算；承辦交通資金、外匯、信貸等相關工作，會同有關部門共同管理交通專項資金；負責管理交通資金的分配和監督；負責局機關及直屬單位國有資產的管理和內部審計；配合有關部門制定公路水運收費政策並監督實施。
(十)安全監督科(應急辦公室)
組織制定交通行業安全生產管理規章制度並監督檢查實施情況；指導交通行業安全生產管理和局機關及直屬單位的安全保衛工作，監督安全生產責任制的落實；組織和指導交通行業安全生產和應急管理的宣傳教育；根據需要組織或者參與交通行業生產安全事故的調查處理；承擔交通行業生產安全事故的統計上報工作；負責交通部門的社會治安綜合治理；配合相關部門處理突發事件，偵破交通部門刑事案件。