1.職能職責不同:港口是進出口貨物的集散地和樞紐，是國際貨物運輸的樞紐，而海關是國家行政機關，主要職責是根據國家的法律、行政法規行使進出口監督管理職權。
2.管理部門不同:口岸的管理部門有海關、商檢、稅務、外匯管理等，而海關是國家法律設立的管理進出口事務的行政機關和機構。