火災造成156人死亡，中央和省裏高度重視。公安機關初步調查的結果是，有人故意放火燒兩名與娛樂城老板蘇阿福發生經濟糾紛的裝修工人。由於蘇阿福在火災中被燒死，本案暴露出的許多瀆職線索都找不到了。省市領導急於結案。
然而，葉子菁和幹警們在偵察中發現，這場火災是由於裝修工人的粗心大意造成的，是壹起失職造成的嚴重災難，與省市領導要求的結果相差甚遠。如果起訴縱火，殺死兩名涉案下崗職工，可以挽救壹批失職幹部；如果火災被起訴，壹批負有領導責任、涉嫌瀆職的官員將被查處。尖銳矛盾發生，王長恭主張保護幹部，在迎接會上定下縱火基調；陳支持女檢察長，聲稱她不能用無辜的鮮血染紅自己的高帽。王長恭贏得了常山幹部的支持，和陳陷入了前所未有的孤立。
檢察機關查辦瀆職犯罪的工作極不理想。有報道稱，市城管委主任周收受首富老板蘇阿福4萬元建門面房，占用消防通道，嚴重影響滅火。調查結果證明，這是壹個錯誤的指控，原告的手腳不幹凈，這使得葉子菁和檢察院非常被動。王長恭抓住這壹點，試圖把葉子菁從檢察長的位置上拉下來。趙——這個以前面目全非的市委書記，這壹刻看到了問題的嚴重性和復雜性，壹步步頂住了王長恭，給了幾乎山窮水盡的壹個喘息的機會。
經過曲折艱苦的調查，火災的真相和失職的真相壹步步被揭露出來，而最大的失職者就是周。葉子菁很痛苦。周不僅是王長恭的老情人，也是自己的老同學，更是丈夫壹直追求和仰慕的女人。如何處理愛情和法律的這種矛盾？提審周秀麗的前壹天晚上，葉子菁以老朋友的身份邀請周秀麗到知青餐廳吃飯，委婉地暗示周秀麗自首。周秀麗認為蘇阿福已經死了，拒絕認罪。第二天，葉子菁作為檢察長，冒著風險，未經市委同意，果斷拘留了周秀麗。這讓王長恭極為惱火。
這時，案情出現了轉機。首富的老板蘇阿福死而復生，被壹直跟蹤他的公安局副局長吳包圍在市中心的壹個加油站裏。蘇阿福知道自己被捕後，生不如死被綁上炸藥，劫持了壹輛出租車。壹場人為的爆炸即將發生。從省委書記到市委書記，包括王長恭在內，各方都在密切關註事態的發展。直升機在萬燈夜城上空盤旋，警車、救護車、消防車夜間出動，加油站周邊居民做好隨時撤離的準備。王長恭命令公安局長江親自指揮，並伺機殺死蘇阿福。危急時刻，葉子菁冒著生命危險獨自做了蘇阿福的人質，用自己的人格魅力打動了蘇阿福，最終說服蘇阿福向警方投降。
蘇阿福被捕，這導致了壹大批幹部的失職。當時，到處都出動了警車，包括韓的所有老部下因與此案有關而被捕。常山的幹部人心惶惶，對葉子菁的威脅增加了。葉子菁不為所動，堅持把所有玩忽職守的犯罪嫌疑人送上被告席，包括被王長恭評為救火英雄的消防隊長。各部門反彈很大。在法庭上，壹些失職單位的觀察員對葉子菁和檢察院的起訴發出噓聲，宣判當天達到了白熱化。沒想到，火災受害者家屬反應強烈，因為火災受害者沒有被判死刑。葉子菁被圍困，混亂中被刺。
臥病在床的建議省檢察院對的壹審判決提出抗訴。周因受賄30萬被判15年。檢察機關認為，周受賄犯罪後果極其嚴重，應當判處死刑。王長恭以保護為名，再次建議由市委書記趙擔任檢察長。當唐朝陽說要依法辦事時，王長恭照做了。他憑借事故處理權，合理建議省委解除市委書記唐朝陽職務，而市長林永強這個“藝術大師”卻在政治上豪賭，背叛了唐朝陽，保住了市長官位。
抗訴成功，周二審被判死刑。本以為周秀麗會氣得跨掉，交待那些幕後黑手，然而，周秀麗什麽也沒說。倒是蘇阿福感慨葉子菁的人品，主動提供了壹個線索，——王長恭在常山當市長的時候，蘇阿福和壹個老板要了壹塊商業用地，通過周秀麗給了王長恭40萬。本以為能拿到地，沒想到，被老板拿走了。蘇阿福懷疑老板出價超過40萬。根據這條線索，葉子菁又去監獄做周秀麗的工作，但周秀麗不配合。葉子菁敏感地發現，周秀麗還是抱有希望的，而且覺得這裏面大有文章。在執行死刑前的最後72小時，試圖轉移周手中的巨額秘密存款。在周準備移交的遺物中，檢察官發現了壹張寫有廣州某銀行保險箱號碼的紙條。
在廣州銀行起獲480萬贓款，保險櫃內發現王長恭假護照和兩張外匯存單。壹直守在電話旁等待消息的葉子菁，聽到這個消息後激動得熱淚盈眶，放聲大哭。王長恭，壹個不可壹世的大人物，崩潰了！但王長恭的倒臺並沒有改變市委書記唐朝陽被免職的命運。趙還是離開了長山。在群情激憤的情況下，趙孤軍奮戰，只有韓和為他送行。堅持原則讓他們三個都成了孤兒。但是，人民沒有忘記為他送行，南方破產煤田的礦工們用他們淳樸的感情為這位堅持原則和正義的好書記送行。趙淚流滿面，控制不住自己。
王長恭受賄瀆職案由常山市檢察院提起公訴，5.13火災案終於畫上了圓滿的句號。葉子菁親自出庭，支持公訴，要求依法嚴懲王長恭，讓良心不再在高樓背後的陰影中哭泣。法律和正義最終戰勝了被腐敗分子異化和濫用的公眾權力，中華民國的崇高良知最終獲得了含淚的勝利...