(1)處理原理不同。公允價值套期改變了被套期項目的會計處理，現金流量套期改變了套期工具的會計處理，使套期工具和被套期項目的利得或損失在同壹期間相匹配，反映了套期會計的實際抵銷結果。
公允價值套期會計應當按照被套期項目因被套期風險而形成的利得或損失計入當期損益的原則處理，同時調整被套期項目的賬面價值。在現金流套期會計中，套期工具的利得或損失分為有效部分和無效部分分別進行會計處理。當被套期項目影響企業同期損益時，將所有者權益轉出，計入當期損益。但是，在對預期交易進行套期後確認非金融資產或非金融負債時，現金流量套期會計確實可能影響被套期項目產生的負債或資產的賬面價值。
(2)套期工具的核算不同。公允價值套期下的套期工具以公允價值為基礎，相關利得和損失計入當期損益。在現金流套期中，套期工具利得或損失的有效部分應直接確認為所有者權益，並在單獨項目中反映；無效套期的部分，應當計入當期損益。即公允價值套期下的套期工具利得或損失不遞延；但現金流套期下的套期工具利得或損失(有效部分)是遞延的，先計入所有者權益，再轉入損益。
(3)被套期項目的核算不同。公允價值套期下被套期項目的賬面價值應按公允價值進行調整，相關損益計入當期損益。現金流套期主要適用於預期交易。如果被套期項目是預期交易並導致金融資產或金融負債的確認，則不進行基礎調整。但是，如果預期交易導致非金融資產或非金融負債的後續確認，則允許企業選擇是否調整基礎。