受壹些特殊因素影響，投資港股ETF還可能面臨以下風險。首先是匯率波動的風險。香港ETF以人民幣計價，持有的資產是以港元計價的港股。人民幣對港元匯率的波動可能引起基金凈值的波動。第二，非重合交易時間大幅折價的風險。深圳和香港有不同的假期和交易時間表。在非重疊交易時段，折溢價套利機制失效，ETF交易價格可能大幅偏離凈值。三是QDII額度不足帶來的溢價風險。港股ETF的QDII外匯額度用完後，暫停申購直至額度增加，溢價套利機制暫時失效，可能導致溢價較大。另外，因為港股沒有漲跌幅限制，所以港股ETF的漲跌幅限制是10%。當港股出現較大波動時，港股的ETF可能會漲跌。
投資者在投資香港ETF前，應認真閱讀基金合同、招募說明書及相關公告，充分了解產品的運作機制、風險收益特征及潛在風險，充分考慮自身的風險承受能力和認知能力，理性判斷市場，謹慎做出投資決策。