(1)辦公室。
負責郵件、會議、機要、信息和文件的日常運作；承擔綜合報告、文件起草、政務公開、保密、信訪、外事等工作；負責資產管理、聯絡接待、綜合協調、監督等工作；指導交通行業節能減排工作；制定運輸安全生產管理制度和應急預案並監督實施。
(2)政策法規科。
組織起草相關規範性文件和制度，承擔相關規範性文件的合法性審核；承擔行政執法監督檢查工作；承擔行政訴訟應訴工作；組織開展政策研究；承擔法律培訓和宣傳工作；指導交通行業法制建設和體制改革。指導行業綜合治理和穩定工作。
(3)綜合規劃科。
組織編制綜合交通運輸體系規劃；組織起草相關行業發展戰略和規劃，組織編制相關規劃，參與制定物流發展戰略和規劃，提出相關政策標準；對全市專項資金的投資政策和資金安排提出建議並監督實施；承擔交通系統相關規劃建設項目的項目前審查和項目後評價工作；組織交通建設項目招標；負責交通基礎設施大修和技術改造項目的審查；組織編制港口規劃等工作；承擔交通系統環境保護、利用外資、統計、調查和信息工作。參與交通戰備工作。
(4)財務部。
組織制定交通行業財務會計規章制度；負責公路水運相關收費政策的監督實施；承辦財務管理、會計核算、招商引資、融資、專項資金管理、預決算、政府采購、外匯、信貸等相關工作；指導監察局和交通系統直屬單位的財務工作和國有資產的保值增值。
(5)建設資金監管科。
制定基本交通資金監督管理的規章制度和辦法並監督實施；承擔交通基本建設資金的監管工作；承辦局直屬單位領導幹部經濟責任審計；承擔局機關直屬單位的資金監管工作；指導交通行業內部資金監管。
機關黨委。根據黨章規定設立，負責局機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢監察機構。對於市紀委(監察局)，人員編制和領導職數單獨列出。