(1)高效的資金結算功能。
大額支付系統采用與直接參與者直連的方式，實現從付款行到收款行的信用支付業務全流程自動化處理，實行逐筆發送、實時結算，壹筆支付業務不到1分鐘即可到賬；與中央債券綜合業務系統、中國銀聯信息處理系統、銀行間外匯交易系統對接，實現債券交易“DVP”結算、銀聯卡跨行業務、銀行間外匯交易業務的資金清算。
(2)全面的流動性管理功能。
大額支付系統為直接參與者提供在線頭寸查詢、日間透支額度、自動質押融資機制、設置清算窗口等系統功能。商業銀行可以隨時查詢和預測頭寸的變化，根據需要及時籌集資金，完成支付業務的最終清算。
(3)完善的風險防範功能。
根據國際清算銀行重要支付系統核心原則，針對大額支付系統運行中可能出現的流動性風險、信用風險、法律風險和操作風險，制定了壹系列防範和處置措施。系統實行資金全實時清算，對未支付的交易進行排隊，采用債券質押和基金融資相結合的自動質押融資機制；建設了大額支付系統應急災難備份系統，建立了運行維護機制。系統中禁止隔夜透支，日終仍未支付的交易可由人民銀行提供高額罰息貸款，有效防範支付風險。
(4)適度集中的清算賬戶管理功能。
大額支付系統對商業銀行清算賬戶采取“物理集中投放、邏輯分散管理”的模式，即商業銀行在人民銀行當地分支機構開立的清算賬戶物理存儲在NPC，日間辦理同業資金清算；邏輯上是由中國人民銀行當地分行管理。在壹天結束時，ABS下載結算賬戶數據以平衡賬戶。對清算賬戶進行適度集中管理，不僅有利於提高支付清算效率，也有利於防範支付風險。
(5)靈活的系統管理功能。
大額支付系統配備了接入管理功能，可以滿足銀行靈活接入系統的需求；服務控制功能用於控制不同參與者發起和接收的支付服務；設置了排隊管理功能，參與者可以調整排隊業務的順序；設置清算賬戶控制管理功能，中國人民銀行可以對嚴重違規或存在信用風險的直接參與者實施部分金額控制、扣款控制乃至關閉清算賬戶。