首先，門檻不同
整存整取是指在開戶時約定存期，壹次性支取本息，存單是銀行業存款金融機構面向個人、非金融企業、機關團體等發行的大額存款憑證的壹種個人存款方式。壹般來說，存款20萬元，其門檻高於整存整取。
第二，利率
多數存單在基準利率基礎上上浮40%，少數銀行上浮45%。與整存整取相比，它們的利率更高。
另外，大額存單因為發行額度的原因，晚了需要等下壹期，而整存整取投資者可以隨時去銀行，比大額存單方便。
整存整取是指用戶選擇存款期限並約定存款期限，然後壹次性存入，到期壹次性支取本息的壹種儲蓄存款。如需整存整取，人民幣起存金額為50元，外幣折合人民幣100。用戶可通過我行網上銀行、手機銀行、網點櫃臺等渠道辦理。整存整取的特點是起存金額低，可以存50元人民幣。存款期限有多種選擇，從3個月到5年不等。支持多幣種存款，包括人民幣、美元、HKD、日元、歐元和英鎊。
存單是銀行發行的存款憑證，實際上是壹種定期存款，起購金額很高。但因為起購金額高，年利率壹般比定期存款高。從目前各大銀行發行大額存單的情況來看，壹般大額存單的起點是20萬元。其實存單就是普通存款，受國家存款保險制度保護，是非常安全的存款產品。即使銀行破產，只要是50萬以下的大額存單，保險機構都會全額賠付。存單的期限有多種選擇，包括1個月、3個月、6個月、9個月、1年、1.5年、2年、3年、5年。對應的利率不壹樣，利率會隨著時間不斷變化。