福建海關時期，船舶噸稅稱為糧頭稅。它是按照體積乘以船的長寬高和梁頭的高度來收稅的。
康熙二十四年(1685)，清政府允許福建海關對沿海帆船人頭征稅。福建海關的糧頭稅是向國內外商船征收的。國內商船按梁頭腳征稅。南臺、廈門、泉州、韓江等四大商船，1尺以內，均按每尺5元征稅；1張以上，2張以下的白銀征收1兩；2尺多，2兩，壹年2次。至於各縣小型商業漁船，除了減少丈量外，每尺征收銀3元至5元不等，壹年兩次，甚至壹年壹次。外國商船分四等，分別需要1400兩、1100兩、600兩、400兩，但實際上均下調20%，實際征收分別為1120兩、880兩、480兩、320兩。據此，壹等船每尺征銀6.22兩；二等船每尺征銀5.71兩；三等、四等船每尺征銀4兩。
道光二十三年(1843 10)九月以後，根據不平等條約，海關規定商船每噸銀5元，小船小於150噸者每噸銀1元。鹹豐八年(1858)以後，船大於150噸的，改為每噸4元，小於150噸的，維持不變。付完運費後，4個月內轉到其他貿易港口，“不用再單獨付運費”。新海關成立後，福建、廈門海關按規定對外來船舶征收銀行券。民海長館收集國內民船的梁課和船案。根據鹹豐八年(1858)的《天津條約》，福建、廈門海關征收的船單主要用於港口的海事建設。同治七年(1868)四月，總稅都督與海關征收的錢，由海關關長按月入帳，7/10上繳地稅部門，作為修建燈塔的費用，其余3/10上繳丞相衙門，作為文同博物館的經費。
同治九年十壹月(1870)，命海關執行《外商銀行券征免條例》。未在2天內打開進口船艙並駛往他處；自簽發船鈔照片之日起4個月內復運入各貿易口岸；受外商雇用，運送旅客的行李、信件、食品、用品及其他免稅物品；從外國來，進入香港避風者(持有其他通商口岸四個月執照者，在香港避風時應從執照中扣除)；不載客、不裝卸貨物、不改變水路等的船。進港加油時，免交船費。光緒八年(1882)十壹月，福建、廈門海關實施《貿易口岸海關對船舶紙幣征收和豁免的規定》。明確規定所有輪船、商船、拖船、駁船、小船、駁船等。必須按噸位支付所有賬單，軍艦、引水、旅遊等船只除外。船舶進口限2天時，應交費；2天內，貨物裝卸或旅客裝卸總量達到20%的，必須買單。
民國9年(1920)，17年8月，稅務總局向福建各海關發布命令，所有摩托艇、舢板、帆船必須領證，繳納噸位稅，所有作為內河運輸工具的同類船只，壹律視為摩托艇。民國二十二年(1933)三月10日後，福建各海關對所有登記噸位在150以上的船舶征收每噸法幣0.65元，噸位在150以下的征收0.15元。從當天起，停止征收甲板貨物噸稅。
抗戰勝利後，財政部《船舶噸稅征收辦法》於民國三十四年(1945)2008年10月9日開始實施。船舶噸位超過100噸的，每登記壹噸，按65元征收噸稅，100噸以下的，按15元征收。在內港航行的民船免征噸稅。由於通貨膨脹，民國三十六年(1947)，二月五日，福建、廈門奉財政部之命，提高噸稅稅率。船舶100噸以上的，每噸650元法國法郎；100噸以下150元；航行木船，100噸以下的稅率征收；其他在內河航行的木船仍免於征收。民國37年(1948)，8月21日，國民政府改為金元券。8月28日，海關再次上調噸稅10倍，按照法幣300萬元等於65438元+0元的比例征收金證。民國三十八年(1949)八月以後，1950年6月至1950年2月，福州、廈門海關采用民國舊制，向航行船舶征收船單。
1951年1月1日起執行財政部、海關總署聯合發布的《海關征收噸位稅辦法》。船舶噸稅納入財政部、國家稅務總局主管的車船使用牌照稅範圍。中國註冊船舶的噸稅由地方稅務局征收，外國船舶和外商租用的中國註冊船舶的噸稅由海關征收。1951年10月1日，財政部通知，噸稅不予征收，直接計入海關“關稅收入”。1952年9月29日，海關總署發布的《船舶噸稅暫行辦法》實施，納稅期限為3個月或30天，區別於機動船或非機動船，按噸位等級計算。10月30日外經貿部、海關總署通知1954 165438+對我國租用的外輪(包括外籍華商擁有或租賃的船舶)航行國外或從事國內沿海貿易暫征收噸稅。
1979年開展對臺貿易後，根據有關規定，臺灣省公私企業的船舶視同本國國籍的國際船舶，不征收噸稅。外國籍船舶和臺灣省與外國合資經營的船舶，臺灣省海關已征收噸稅的，在噸稅許可證有效期內不再征收；許可證已過期的，按規定征收噸稅。
1980之後，海關征收的噸稅呈遞增趨勢。應稅船舶包括外國貨輪、客貨船、豪華旅遊船、外國投資者租用的中國貨輪、中外合資客船、貨輪及其租用的貨輪。根據交通部、海關總署、財政部、中國銀行、外經貿部的通知，船舶噸稅自1986 10 6月1日起由海關征收，不再納入中央國庫。納稅人將船舶噸稅直接匯到交通部中國銀行北京總部。5月7日1987，以外匯繳納的噸稅，按當日牌價折合成外匯人民幣直接匯出。1987年2月22日，經交通部、海關總署、財政部聯合通知，海關從3月1日起調整船舶噸稅，將船舶分為機動船和非機動船，期限為90天或30天，分別按壹般噸稅稅率或優惠噸稅稅率征收。