出口退稅系統中的匯率按照報關單上出口日期的第壹個工作日的人民幣匯率中間價折算，企業可以在中國外匯局網站上查詢對應的匯率。
出口退稅預申報的操作步驟是：(1)->(6)，出口退稅正式申報的操作步驟是(1)->(12)。
(1)向導→申報系統操作向導→退稅申報向導→壹外部數據采集→出口商品匯率配置；(2)退稅申報向導→外部數據采集→認證發票信息讀入（如果不讀入電子數據，手工錄入，選擇“認證發票信息處理”）；(3)外部數據采集-報關單數據讀入-報送單數據查詢與確認，如果不讀入電子數據，手工錄入，選擇“二退稅申報數據錄入→出口明細申報數據錄入；(4)二退稅申報數據錄入→出口明細申報數據錄入→修改關聯號和序號→點擊保存→點擊審核認可；(5)二退稅申報數據錄入→進貨明細數申報據錄入→修改關聯號和序號→點擊保存→點擊審核認可；(6)三退稅申報數據檢查→進貨出口數量關聯檢查→換匯成本檢查→預申報數據壹致性檢查→四生成預申報數據→生成預申報數據；(7)六確認正式申報數據→確認正式申報數據；(8)七生成正式申報數據→退稅匯總申報表錄入→增加→錄入申報年月、申報批次→自動生成匯總表→保存；(9)打印出口明細申報表→六確認正式申報數據→出口明細申報數據查詢→申報表打印；(10)打印進貨明細申報表→六確認正式申報數據→進貨明細申報數據查詢→申報表打印；(11)打印出口退稅匯總申報表→七生成正式申報數據→退稅匯總申報表錄入→打印報表；(12) 七生成正式申報數據→生成退（免）稅申報數據-進貨/出口申報表。
外貿企業已經生成出口退稅正式申報數據，如果需要撤銷申報的具體操作流程：進入外貿企業出口退稅申報系統→向導→申報系統操作向導→退稅申報向導→八已申報數據確認→已申報出口明細申報數據查詢→點擊“認可申報”→選擇“將當前關聯號轉為待申報”或者“將當前篩選的所有關聯號轉為待申報”，就可以撤銷申報標誌。