小演員的人選確定後，電影拍攝如火如荼。除了在室內拍攝，攝制組還去了北京的中山公園和北海公園拍攝。但是在北海公園拍攝期間，壹個小女孩突然從船上掉進了水裏。所幸工作人員反應迅速，及時將她救出。正因為如此，落水女孩的父母拒絕讓自己的孩子參與拍攝。攝制組的同誌說，他們同意做孩子的家長，很不容易。
新中國成立後，中國電影業面臨困境。設備陳舊落後，人員素質參差不齊，資金非常匱乏。拍攝《祖國的花朵》時，攝制組要求壹個鏡頭最多只能拍3到4個畫面。不能多拍，因為當時的片子都是用外匯買的，片子對攝制組來說很珍貴，不能浪費。