海關參照有關規定管理綜合保稅區，落實保稅港區稅收和外匯政策，整合保稅區、出口加工區、保稅物流區和港口功能，發展國際中轉、配送、采購、轉口貿易和出口加工。
相關政策
根據現行相關政策，海關對保稅區實行封閉管理，國外貨物進入保稅區實行保稅管理；從中國其他地區進入保稅區的貨物視為已經出境；同時，外經貿和外匯管理部門也對保稅區實行相對優惠的政策。
企業在綜合保稅區開展港口業務。貨物經園區海關、商檢等部門檢驗合格後，可在任意口岸(海港或空港)出口，無需開箱檢驗。