保稅區擁有進行國際貿易、國際中轉、保稅倉儲、物流、保稅加工等功能，但它設置在港區之外，且沒有出口退稅功能，貨物只有在實際離境之後才能進行出口退稅。
出口加工區和保稅物流園區都享受出口退稅政策，貨物自境內區外進入區內即可辦理退稅。但出口加工區的主要功能僅限於保稅加工，區內除了可以進行出口加工和提供專為出口加工企業生產提供服務的倉儲和貨物進、出的運輸服務，不得經營商業零售、壹般貿易、轉口貿易及其他與加工區無關的業務。出口加工區設置在港口之外，因此也沒有口岸功能。
保稅物流園區是應區港聯動，整合保稅區的倉儲功能和鄰近港口的裝卸、運輸功能，實現保稅區域與港口壹體化運作的需求而設立的，它是在保稅區規劃面積或者毗鄰保稅區的特定港區內設立的，在保稅區和港區之間開辟直通式通道，專門發展現代國際物流業的海關特殊監管區域。保稅物流園區具有國際貿易、國際中轉、保稅倉儲等功能，貨物入區退稅，但不能進行加工制造業務。物流園區雖然有專門通道與港區相連，但在監管上仍與港口分屬不同海關，因此不具有實際的口岸功能。
保稅港區設立在國家對外開放口岸港區和與之相連的特定區域內，具有口岸、物流、加工、貿易等功能，擁有保稅區、出口加工區、保稅物流園區“三區合壹”的政策優勢，港區合壹，是我國目前開放程度最高、政策最優的海關特殊監管區域。