按照國務院有關機構改革的要求，在撤銷中國人民銀行內蒙古自治區分行和中國人民銀行呼和浩特市分行的同時，1999年1月1日中國人民銀行呼和浩特中心支行 正式組建成立。中國人民銀行呼和浩特中心支行作為省會（首府）城市中心支行，自成立以來，業務管轄範圍逐步擴大。2003年銀行監管職能移交內蒙古銀監局。2004年以後業務管轄基本覆蓋全自治區。其主要職責有：
（四）分析、研究內蒙古自治區宏觀經濟金融形勢，為總行制定和修改貨幣政策提供政策建議和依據。
（五）負責管理內蒙古自治區的金融統計工作及信貸征信業務，推動社會信用體系的建立。
（六）管理內蒙古自治區貨幣發行、現金管理和反假人民幣業務。
（七）管理內蒙古自治區人民銀行系統的會計財務、支付結算業務。
（八）負責全區反洗錢工作的組織協調和監督管理。
（九）管理內蒙古自治區外匯、外債和國際收支業務。
（十）管理內蒙古自治區國庫業務、科技和安全保衛工作。
（十壹）依照管理權限負責轄區人事、內審、黨群等工作。
（十二）承辦總分行交辦的其他事項。