第二，懲罰不同。政府監管機構可以對違反法律法規的投資銀行處以罰款和警告。情節嚴重的，取消其從事壹項或者全部證券業務的資格。比如日本最大的投資銀行野村證券，在操縱市場、賄賂勒索機構投資者的醜聞曝光後，被日本財務省處罰停止自營業務壹段時間。相比之下，自律組織對投行的處罰相對較輕，包括罰款、暫停會員資格、取消會員資格等。情節特別嚴重的，可提交政府主管部門或司法機關處理。
第三，基礎不同。政府監管機構依據國家相關法律、法規、規章和政策對投資銀行進行監管，自律組織依據自律組織制定的章程、業務規則和細則對投資銀行進行管理。
第四，範圍不同。政府監管機構負責監管全國範圍內的證券業務活動，自律組織主要監管成為其成員的投資銀行及其發行和交易活動。