中國的現代支付系統有兩級處理中心，即全國處理中心(NPC)和省會及深市處理中心(CCPC)。國家處理中心分別與各城市的處理中心相連，其通信網絡采用專網，以地面通信為主，衛星通信為輔。
政策性銀行和商業銀行是支付體系的重要參與者。各政策性銀行和商業銀行可通過省會城市分行使用行內系統與CCPC當地支付系統連接，或其總行與CCPC當地支付系統連接。同時，為解決中小金融機構結算匯款問題，允許農村信用社自建匯款系統，按照商業銀行與支付系統的連接方式辦理；城市商業銀行辦理銀行匯票業務，應根據支付系統的要求，開發自己的城市商業銀行匯票處理中心，依托支付系統辦理其銀行匯票資金在資金結算中的劃轉和支付。
中央銀行會計系統是現代支付系統運行的重要基礎。為了有效支持支付系統的建設和運行，並有助於加強會計管理，提高會計核算的質量和效率，中央銀行的會計核算將逐步集中。壹是縣支行會計集中到市中心支行，市中心支行會計集中系統與支付系統CCPC遠程連接。地市級以上國庫部門的國庫會計系統(TBS)可以直接接入CCPC，通過支付系統辦理國庫業務資金的匯劃。
為有效支持公開市場操作、債券發行和贖回以及債券交易的資金結算，公開市場操作系統、債券發行系統和中央債券簿記系統通過壹個接口與支付系統NPC進行物理連接，處理其交易的人民幣資金結算。為保證外匯交易資金的及時清算，外匯交易中心與支付系統上海CCPC聯網，處理人民幣外匯交易和資金結算，並下載全國同業拆借和歸還業務數據，用於央行對同業拆借業務的匹配管理。
為了滿足各種支付業務的需求，正在建設的現代支付系統由兩個應用系統組成:大額支付系統(HVPS)和小額批量支付系統(HEPS)。
大額支付系統實行逐筆實時處理，全額清算資金。建設大支付系統的目的是為銀行、企業和金融市場提供快速、高效、安全、可靠的支付結算服務，防範支付風險。同時，該系統在中央銀行更加靈活和有效地實施貨幣政策方面發揮了重要作用。該系統處理同城異地、銀行間、銀行內的大額信用和應急小額信用支付業務，人民銀行系統內的信用支付業務。
在壹定時間內，小額批量支付系統對多筆支付業務進行軋差處理，以凈額清算資金。建設小額批量支付系統的目的是為社會提供低成本、大批量的支付結算服務，支持各種支付業務的使用，滿足各種社會經濟活動的需求。該系統處理同城和異地銀行之間的定期借貸支付，中央銀行會計和國庫部門辦理的借貸支付業務，以及每筆金額低於規定起點的小額借貸支付業務。小額批量支付系統批量發送支付指令，沖減差額，清算資金。